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生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie
转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。在这里小编整理了一下此套组合的执行流程，以供日后查阅；同时分享在平台，如果能帮助到更多初学者，小编将不甚荣幸，如有谬误也希现学现卖知识之-学习conda（一）
写在前面的话： 疫情的影响，一直没有开学，一家人老实在家待着，除了看看孩子之外就是学习一下新的东西了。 再啰嗦一下： 之前分析Rna-seq的流程忘得差不多了，近期感觉记笔记是个好习惯，于是开始记笔记。现学现卖，作为现学现卖的第一篇，今天就讲讲conda吧。 为什么用conda呢？ 是因为，之前接触conWGS和宏基因组混样测序-判断和host基因组的乘深和覆盖度--20200105
WGS和宏基因组混样测序-判断和host基因组的乘深和覆盖度 数据准备 在前期已经做好map到host基因组的步骤以后 （使用了hisat2）得到的 ID.hisat2.bam文件 第一步:sort 因为我们下一步要用的samtools depth的功能需要sorted的bam文件，操作如下： samtools sort ID.hisat2.bam ID.his