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linux软件安装 rna-seq
pre-step: download sratoolkit /fastx_toolkit_0.0.13/fastqc/bowtie2/bwa/MACS2/HOMER/QuEST/mm9/hg19/bedtools http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK158900/ Download and install sratoolkit cd ~/bios实验记录 | mutect问题详解:No tribble type was provided on the command line and the type of the file？
出错详情： /home/xxzhang/workplace/software/java/jdk1.7.0_80/bin/java -Djava.io.tmpdir=./output_RNA/mutmp -Xmx31g -jar /home/xxzhang/workplace/QBRC//somatic_script/mutect-1.1.7.jar --analysis_type MuTect --reference_sequence ./geneome/hg19/hg19.fa --dbsnp实验记录 | 6/11
（9：22）早上来的时候，检查发现，昨天是（8：23）的时候，运行完成。昨天挂机的时间是（19：00），所以，整体上，运行这个程序的时间为2个小时。 与昨天的问题一样，我的somatic_mutations_hg19.txt这个文件还是没有跑出来。 我把过程性的文档调出来，我们再来细致的分析一下。 mutation calling 程序的运行实验记录 | 6/10
（8：54）早上的时候，来这边发现，gtf转换，但是并没有转换出来(847MB==>43.5GB)。所以，昨天的尝试是失败的。 又及：另外一个平台上尝试下载的gtf文件，也下载失败。 gencode.v19.annotation.gtf.gz 63%[++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++====> ] 22.89M实验记录 | 6/4
首先，解决昨天的报错。 根据报错信息，我发现了两个网址： （1）论坛上关于错误的解释：http://gatkforums.broadinstitute.org/discussion/63/input-files-have-incompatible-contigs （2）官网给出的解决方案：https://www.broadinstitute.org/gatk/guide/article?id=1328 但是，今天这个网站实验记录 | 6/1
（1）首先，下载完成annovar配套的数据库。 perl annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar ljb26_all humandb/ (base) zxx@zxx-Lenovo-Yoga710-14ISK:/media/zxx/TOSHIBA/QBRC/annovar$ perl annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom anno