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plink：Error: Line X of .ped file has fewer tokens than expected.

运行命令plink --file test1 --het --out test_het出现的报错："Error: Line 135 of .ped file has fewer tokens than expected." 出现这种报错有两种原因： 1、map文件的SNP数量与ped的数量对应不上； 2、缺失值少了一个0，如下图所示：这种情况解决办法就是把另外一个0补充上，变成00：

plink 软件中 --het参数

001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file outcome --het --out test PLINK v1.90b6.26 64-bit (2 Apr 2022) www.cog-genomics.org/plink/1.9/ (C) 2005-2022 Shaun Purcell, Chris