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rsem对转录本进行定量
最近在研究转录本，现在在下载数据，想起来自己有一个博客，就暂且来这里更新一下内容。 要想对转录本进行定量，首先需要下载它的转录组数据，将别人上传的SRR文件的名字整理在wheat.txt中，引用 prefetch --option-file wheat.txt 下载后通过sratoolkits将sra数据转化成fq格式 fastq-dump -wget,curl 下载文件
1. wget下载单个文件 wget -c https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz -O ../hg38.fa.gz 参数解析 -c：断点续传，如果下载中断，那么连接恢复时会从上次断点开始下载。 -O：指定文件下载到本地的路径和文件名，不加此选项，默认为当前文件夹，文件名相同。featureCounts 安装和使用
官网：http://subread.sourceforge.net/ Subread package: high-performance read alignment, quantification and mutation discovery The Subread package comprises a suite of software programs for processing next-gen sequencing read data including: Subread: a genstar和rsem的下载安装
star和rsem的下载安装 建立索引(鼠和人)40min wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M24/gencode.vM24.annotation.gtf.gz wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M24/GRCm38.primary_assembly.genome.fgtf文件学习+读取
转自：https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72851239 1.基本 GFF和GTF是两种最常用的数据库注释格式，基因注释文件。 GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。 GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释，对染色体上的基因进行