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使用plink、gemma软件进行gwas分析增加协变量

001、plink root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls cov.txt gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# head cov.txt ## 协变量文件前两列FID、IID；第三列性别、第四列到最后PC1-PC5 fam1 id1 2 -0.0102664 0.0442708 -0.0658

gemma、plink使用一般线性模型进行GWAS分析

001、测试数据 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls ## 表型数据为ped文件的第6列 gwas_test.map gwas_test.ped 002、plink 一般线性模型GWAS root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# plink --fi