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vcf文件新建索引（idx）
原文件如下： 直接使用gatk 的 IndexFeatureFile 参数： #gatk IndexFeatureFile -F vcf_file $ gatk IndexFeatureFile -F Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg38.vcf Using GATK jar /share_data/wujm/software/gatk-4.1.4.0/gatk-package-4.1.4.0-local.jar Running:gatk UnifiedGenotyper
使用 UnifiedGenotyper注意如下：（1） 输入：.recalibration.bam（2）输入：.recalibration.bai（3）dbSNP: vcfdbsnp，有头部；有与DNA一样的染色体顺序；有idx文件；UnifiedGenotyper Unable to read index file, for input source: vcf.idxSorry for the delayed response. It turns out that this is a生信 cookbook (持续更新)
目录1. 如何对 fastq 数据进行过滤？2. 如何使用 bwa mem 生成 bam3. 如何对 bam 文件统计平均深度、覆盖度、捕获情况等信息4. GATK 最佳实践？5. 如何比较两个 vcf 的差异6. 如何查询 vcf 中突变7. 什么是 PED 文件8. 使用 vep 注释9. 如何进行转录组数据比对10. 如何计算基因表达量