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获取单个基因的fst信息

#!/bin/bash echo "par1 is gene,par2 is fst_file" #awk '{(if ($3==gene) print $0}' $2>gene_info grep -i $1 gene_info|awk '{print $2,$3,$4}'>${1}_info while read chr start end do awk -v chr=$chr -v start=$start -v end=

洛谷 SP5542 / SPOJ CPAIR Counting pairs

洛谷传送门 SPOJ 传送门 题意 给定 \(N\) 个非负整数 \(A_1,A_2,...,A_N\) 和 \(Q\) 组询问 \((v_j,a_j,b_j)\),对于第 \(j\) 组询问,你需要回答满足 \(1 \le l \le r \le N\) 且 \(a_j \le r - l + 1 \le b_j\) 且 \(\sum\limits_{k=l}^r [A_k \ge v_j] = r - l + 1\) 的整数对 \((

进程调度模拟算法

  一、目的和要求   进程调度是处理机管理的核心内容。本实验要求用高级语言编写模拟进程调度程序,以便加深理解有关进程控制快、进程队列等概念,并体会和了解优先数算法和时间片轮转算法的具体实施办法。   二、实验内容   1.设计进程控制块PCB的结构,通常应包括如下信息:    

理解FST

其实FST很复杂,不过我们可以简单点理解成HashMap就行了 转载 lucene字典实现原理 - zhanlijun - 博客园 (cnblogs.com) 1 lucene字典       使用lucene进行查询不可避免都会使用到其提供的字典功能,即根据给定的term找到该term所对应的倒排文档id列表等信息。实际上lucene索引文

java11模块化springboot集成j2cache笔记

说明 最近学习了模块化,后面工作可能用到,使用springboot写了一个简单的demo 版本说明 springboot 2.6.1 mysql 8.0 redis 6 j2cache 2.8 mybatis-plus 3.4.3.4 遇到的问题 多个模块有相同的导入 Error occurred during initialization of boot layer java.lang.module.Resolut

CSP/NOIP2021 游记

CSP/NOIP2021 游记 大概写一起,时间线横跨 CSP 初赛到 NOIP 初赛 考前翻了翻往年的题,记住了 3n-2 题的结论 开考翻试卷,“3n-2 我会啊”,”怎么还有计几啊/jk“,”考四毛子!xzy 狂喜!“ 做初赛的时候跳了一道计数题,跳了整道计几题 考到 60min 的时候其他基本做完了,把计数题算出来大概不

FST快速序列化和反序列化, Redis使用FST

FST 快速序列化和反序列化 FST: github 参考 参考 介绍 FST的使用有两种方式,一种是快捷方式,另一种需要使用ObjectOutput和ObjectInput。 快捷方式 static void quickStart() { FSTConfiguration conf = FSTConfiguration.createAndroidDefaultConfiguration(); FstObject

ac自动机fail树上dfs序建可持久化线段树

#include <cstring> #include <cstdio> #define max(a,b) a>b?a:b const int mn=300005; struct Trie{ int father,fail,next[26]; void init(){ father=fail=0; memset(next,0,sizeof next); } }tree[mn]; struct Xls{ int size,y[mn],nxt[mn],fst[mn

CF802K Solution

题目链接 题解 树形dp呐。 对于节点\(x\),每去向它的一个子结点,经过\(x\)的次数便会\(+1\)。因此如果最后回到\(x\)的话,最多可以去向\(k-1\)个子节点。但如果最后停留在\(x\)的子树当中,最多便可去向\(k\)个子节点。 状态:\(dp[i][j]\)表示以节点\(i\)为根的子树,是/否(\(j=1/0\))在其中

CF1433G Solution

题目链接 题解 下文将点\(x,y\)间的最短路长度称为\(<x,y>\) 若将边\(i\)的权值赋为\(0\),对于每组\(a_j,b_j\)有两种情况:最短路经过/不经过\(i\)。经过的情况花费\(=<a_j,u_i>+<b_j,v_i>\)或\(<a_j,v_i>+<b_j,u_i>\),不经过的情况预处理出未更改边权的\(<a_j,b_j>\)即可。 AC代码 #

Codeforces 671C - Ultimate Weirdness of an Array(线段树维护+找性质)

Codeforces 题目传送门 & 洛谷题目传送门 *2800 的 DS,不过还是被我自己想出来了 u1s1 这个 D1C 比某些 D1D 不知道难到什么地方去了 首先碰到这类问题我们肯定考虑枚举什么东西,然后在枚举过程中用个什么东西维护答案,求出其对答案的贡献。此题一个很直观的想法是枚举左端点,但很遗憾

erlang精要(14)-列表(1)

1> X=[1,2,3]. [1,2,3] 2> Y=[4,5,6]. [4,5,6] 5> [X|Y]. [[1,2,3],4,5,6] 7> [Fst|Rest]=Y. [4,5,6] 8> Fst. 4 9> Rest. [5,6] 10> [One,Two,Three]=X. [1,2,3] 11> One. 1 12> Three. 3 13> 奇数和偶数的判断 116> learnerl:loop([1,2,3]). 1

CF1076E Solution

题目链接 题解 从\(n,m\le 3\cdot 10^5\)可看出,此题需在\(logn\)的时间内进行区间修改与单点查询。而描述操作位置的只有距离(子树深度)一个变量,可以想到以深度为关键字建立线段树或树状数组。 设点\(i\)深度为\(pos_i\),对于每个操作将深度区间\([pos_{v_i},pos_{v_i}+d_i]+x_i\)即

LCA模板

具体讲解可看:https://www.cnblogs.com/zhouzhendong/p/7256007.html LCA_Tarjan Tarjan 算法求 LCA 的时间复杂度为 O((n+q)α(n)) ,是一种离线算法,要用到并查集。 #include <bits/stdc++.h> using namespace std; const int N=40000+5; struct Edge{ int cnt,x[N],y[N],z[N

Kaldi:加权有限状态转换器 WFST

补充前几天的中文分词 对一本小说进行分词 import jieba from zhon.hanzi import punctuation file = open('b.txt', 'r', encoding='utf-8') data=file.read() data = jieba.cut(data) string = re.sub(r"[%s]+" %punctuation, "",data) fW =

P4221 [WC2018]州区划分 无向图欧拉回路 FST FWT

LINK:州区划分 把题目中四个条件进行规约 容易想到不合法当前仅当当前状态是一个无向图欧拉回路. 充要条件有两个 联通 每个点度数为偶数. 预处理出所有状态. 然后设\(f_i\)表示组成情况为i的值. 枚举子集转移 可以发现利用FST进行优化. FST怎么做?详见另一篇文章史上最详细FST解释

[WC2018]州区划分(FWT,FST)

[WC2018]州区划分(FWT,FST) Luogu loj 题解时间 经典FST。 在此之前似乎用到FST的题并不多? 首先预处理一个子集是不是欧拉回路很简单,判断是否连通且度数均为偶数即可。 考虑朴素状压dp很容易得到 $ f_{ S } = \sum\limits_{ T \subseteq S } f_{ S - T } \times ( \frac{ val_{ T } }

FST

子集卷积 \[res_k=\sum_{i\&j=0\\i~|~j=k}f_ib_j \]//Data const int N=20,M=1<<N; const int mod=1e9+9; int n,m,bc[M+7],f[N+7][M+7],g[N+7][M+7],res[N+7][M+7]; //FMT void FWT(int a[],int t){ for(int i=1;i<m;i<<=1) for(int j=0;j<m;j+

Codeforces Round #633 (Div. 2) D. Edge Weight Assignment

#include<map> #include<queue> #include<cstdio> #include<cstring> #include<iostream> #include<algorithm> using namespace std; const int N=3e5+10; int n,p[N],du[N],dis[N]; bool F[N]; pair<int, int>e[N]; vector<pa

How to Design Programming(文件写入)

#lang racket (require 2htdp/batch-io) (define (letter fst lst signature-name) (string-append (opening fst) "\n\n" (body fst lst) "\n\n" (closing signature-name))) (define (opening fst) (string-append &qu

haploPS、XP-EHH、 Fst检测正向选择信号的实例介绍

欢迎来到"bio生物信息"的世界 下面是一篇文献介绍。 关于人类基因组正向选择信号的检测分析。 1.正向选择的概念 正向选择:某一突变位点逐渐积累,成为优势的位点。 具体表现为:随着时间延长,该位点的突变基因型频率越来越高,远远超过野生型; 2.正向选择的目的 通过比较驯化/野生动植物、

做题日记

做题周记 2019.03.24 (ZJOI_round1前一周终于停课) CF-Professor's task <set, 凸包> POJ-Farm Tour <费用流小模板> Luogu-【模板】最小费用最大流 <费用流小模板> CDQ专题6道 HDU-Jam's problem again <CDQ+三位偏序裸题> HDU-Pinball Game 3D <CDQ+三维偏序> HDU-Crowd <CDQ+

图论训练之十二

https://www.luogu.org/problem/P5021 好早以前做过,但现在再看发现当时根本没理解 分析: 题目大意: 找出互不相交的m条路径,使得这m条路径中最短的尽量最长(原图是一颗树)!!! 最长的最短:二分答案?长度大于等于mid的有没有m个 树?树?树?树形dp? 当我们二分这个答案后,关键就在于如何判断能否组

GWAS 分析Fst画图

  GWAS  分析 Fst https://rpubs.com/rossibarra/61700    有详尽的步骤可以参考画图   PS 当然这个网站   https://rpubs.com/  也有很多很好的参考资料

牛客练习赛 4 A-Laptop (线段树,思维)

链接:https://ac.nowcoder.com/acm/contest/16/A?&headNav=www 来源:牛客网 题目描述 FST是一名可怜的小朋友,他很强,但是经常fst,所以rating一直低迷。 但是重点在于,他非常适合ACM!并在最近的区域赛中获得了不错的成绩。 拿到奖金后FST决定买一台新笔记本,但是FST发现,在价格能承