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在VMD上可视化hdf5格式的分子轨迹文件
技术背景 在处理分子动力学模拟的数据时，不可避免的会遇到众多的大轨迹文件。因此以什么样的格式来存储这些庞大的轨迹数据，也是一个在分子动力学模拟软件设计初期就应该妥善考虑的问题。现有的比较常见的方式，大致可以分为存成明文的和存成二进制的两种方式。这两种方式各有优劣，明文git添加被.gitignore忽略的文件
技术背景 在git操作中，有时候为了保障线上分支的简洁性，会在.gitignore文件中屏蔽一些关键词，比如可以加一个*.txt来屏蔽掉项目中所有带txt后缀的文件，还可以加上*test*来屏蔽所有的本地测试文件或者目录（当然，这个操作需要谨慎，有时候线上版本也需要同步测试案例）。那么如果想在被屏蔽的python3查看文件是否存在，以及读、写与执行的属性（转）
本文介绍了如何使用os.access的方法来判断系统文件的存在性与读、写和可执行权限等。这在日常文件操作中有着比较重要的意义，意味着我们可以先判断文件是否存在再决定是否删除系统文件，而不是直接用os.remove进行删除操作，如果有异常再进行捕获，这种的操作非常的不符合操作逻PyVista：一款Python的三维可视化软件
技术背景 三维可视化是一项在工业领域中非常重要的技术，而Python中最热门的可视化工具matplotlib和plotly，更加倾向于在数据领域的可视化，用于展现数据的结果。类似的还有百度的pyechart也相对美观，但是这些毕竟都是在数据层面的可视化，对于工业领域，比如一个地形，一个三维的期间等等，用这从零开始制作PyTorch的Singularity容器镜像
技术背景 在前面的博客中，我们大篇幅的使用到了Docker和Singularity这两种常见的容器化编程环境解决方案，使得我们的各个编程环境能够更好的隔离。如果要展开讲解容器化编程环境的重要性的话，我们有可能会发现容器并不是那么的必须：比如解决python库的依赖冲突问题，我们可以选择使用pyt用华为MindSpore进行分布式训练
技术背景 分布式和并行计算，在计算机领域是非常重要的概念。对于一些行外人来说，总觉得这是一些很简单的工作，但是如果我们纵观计算机的硬件发展史，从CPU到GPU，再到TPU和华为的昇腾（NPU），乃至当下的热点量子计算机（QPU），其实就是一个分布式与并行计算的发展史。从简单的数据并行，到算法并行，到在C++中调用Python
技术背景 虽然现在Python编程语言十分的火爆，但是实际上非要用一门语言去完成所有的任务，并不是说不可以，而是不合适。在一些特定的、对于性能要求比较高的场景，还是需要用到传统的C++来进行编程的。但是C++的一个缺点是比较难找到很好的轮子，这也是很多人专用Python的一个重要原因。这C++基础——文件逐行读取与字符匹配
技术背景 用惯了python，对其他语言就比较的生疏。但是python很多时候在性能上比较受局限，这里尝试通过C++来实现一个文件IO的功能，看看是否能够比python的表现更好一些。关于python的类似功能的实现，可以参考这一篇博客。 C++读取文件 首先我们构造一个txt文件用于测试，比如以下这个名分子动力学模拟软件VMD的安装与使用
技术背景 购物返利 m.cpa5.cn 在分子动力学模拟过程中会遇到一些拓扑结构非常复杂的分子模型，所谓的复杂不仅仅是包含众多的原子，还有各种原子之间的成键关系与成键类型等。这时候就非常能够体现一个好的可视化软件的重要性了，这里我们介绍的VMD是一个业界非常常用、功能也非常强基于Docker配置本地Gitlab
技术背景 购优惠 www.fenfaw.cn Github和Gitee（码云）是最常见的基于git的代码托管平台，现在基于svn的代码管理仓库已经相对比较少见了，大部分还都是企业内部的代码仓。但是基于开源的Gitlab，我们在企业内网也可以立马搭建一个代码托管平台，并且自带集成有各种代码自动化测试工具，实现python3函数可变输入参量
技术背景 通常我们在python中定义一个函数的时候，需要给出明确的函数输入参量，比如对于一个数学函数\(z=f(x,y)\)就表示，\(z\)是关于\(x\)和\(y\)的一个函数。但是如果对于未知参量的函数，比如函数形式可以是\(z=f(x,y)\)，但也可以是\(z=f(x,y,m,n,i,j,k)\)，在不确定入参的时候，就可以采Python基础之告警定义与告警抑制
技术背景 在前面一篇博客中我们介绍了在python中自定义异常以及异常的捕获。这里我们要介绍另外一种形式的用户提醒：告警。我们这里就不给出一些过于官方或者技术的定义了，在实际项目中的使用场景主要有这么一点区别：异常信息表示程序中的某一个步骤输入不正确而导致没办法继续往下执创建ortools的Dockerfile
技术背景 基于已有的Docker容器镜像，去创建一个本地的镜像，有两种方法：一种是在之前的博客中提到过的，使用docker commit的方案，也就是先进去基础系统镜像内部完成所需的修改，然后commit到一个新的容器内部;还有另外一种也非常常用的方法，就是写一个Dockerfile，在本文中会作简单介绍。 另