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Bowtie2 基因组mapping
Bowtie 2是一种超快速且高效存储的工具，可用于将测序序列与参考序列进行比对。 https://github.com/BenLangmead/bowtie2 建立参考基因组索引 # Building a small index bowtie2-build example/reference/lambda_virus.fa example/index/lambda_virus # Building a large indHLA分型
HLA分型 本文档只介绍两种HLA分型方法：1、hlahd对肿瘤组织的WES数据分型；2、seq2HLA对肿瘤组织的RNA-seq数据分型。个人认为hlahd分型更准确一些。 一、根据WES的tumor数据进行数据分型 选用hlahd 软件安装及使用 [root@18605fd8771e ~]# wget https://jaist.dl.sourceforge.ne生信人应该这样学linux
— / PART 1 / ———— Linux-0-生信入门环境 工欲善其事必先利其器，这一节课主要以Windows系统为例，介绍了用Linux编程之前需要下载并安装的软件：Xshell，git，markdown，Winscp，幕布以及notepad++。介绍了如何下载并安装R及R的操作软件Rstudio，在Rstudio里进行了简单的命令演示以及如何