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Linux-vcf文件-如何通过VCF文件鉴别群体的等位基因频率？
如何判定化石是祖先型等位基因还是突变型等位基因？ PS：不能挖到化石就说它是祖先。 可以和亲缘关系较近的物种进行序列比对，和近缘物种相同的就是祖先型，更大概率来自于更古老的祖先。 如何通过VCF文件鉴别群体的等位基因频率？ 首先确定等位基因频率是一个群体的概念，也就是说不是每一个【fastqe】有趣的表情包版fastqc
FASTQ with Emoji = FASTQEvcf文件新建索引（idx）
原文件如下： 直接使用gatk 的 IndexFeatureFile 参数： #gatk IndexFeatureFile -F vcf_file $ gatk IndexFeatureFile -F Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg38.vcf Using GATK jar /share_data/wujm/software/gatk-4.1.4.0/gatk-package-4.1.4.0-local.jar Running:基因组分析：VCF文件中位点提取以及R软件中的分析
VCF文件时基因组分析中最常见的文件类型，有时需要从中提取部分信息进行后续分析，在《vcf、plink文件格式互转》中我们已经提及了SNPs的提取方法： #在file.txt中， snp名字作为一列，无header，输出格式为vcf vcftools --gzvcf my.vcf --snps snps.txt --recode --recode-INFO-all --ou使用QTLtools计算QTL时报错：gsl: simplex2.c:372: ERROR: non-finite function value encountered
跑以下命令时报错： QTLtools cis --vcf file.vcf.gz --bed file.bed.gz --cov covariate.txt --permute 10000 --grp-best --window 100000 --out permutations.txt 其中，纳入的协变量有5个表型PC,5个基因型PC，性别，年龄，群体； 经测试，去掉群体的协变量以后，就可以正常工作了。 加上--excl使用 bcftools 进行基因型过滤（genotypes QC）
基因型过滤标准：保留双等位基因(biallelic sites)以及次等位基因频率大于0.05的位点： bcftools view --types snps -m 2 -M 2 -q 0.05:minor genotypes.chr22.vcf | bgzip -c > genotypes.chr22.vcf.gz --types snps -m 2 -M 2 指的是保留双等位基因(biallelic sites)； 0.05:minor实验记录 | mutect问题详解:No tribble type was provided on the command line and the type of the file？
出错详情： /home/xxzhang/workplace/software/java/jdk1.7.0_80/bin/java -Djava.io.tmpdir=./output_RNA/mutmp -Xmx31g -jar /home/xxzhang/workplace/QBRC//somatic_script/mutect-1.1.7.jar --analysis_type MuTect --reference_sequence ./geneome/hg19/hg19.fa --dbsnp实验记录 | 6/11
（9：22）早上来的时候，检查发现，昨天是（8：23）的时候，运行完成。昨天挂机的时间是（19：00），所以，整体上，运行这个程序的时间为2个小时。 与昨天的问题一样，我的somatic_mutations_hg19.txt这个文件还是没有跑出来。 我把过程性的文档调出来，我们再来细致的分析一下。 mutation calling 程序的运行生信 cookbook (持续更新)
目录1. 如何对 fastq 数据进行过滤？2. 如何使用 bwa mem 生成 bam3. 如何对 bam 文件统计平均深度、覆盖度、捕获情况等信息4. GATK 最佳实践？5. 如何比较两个 vcf 的差异6. 如何查询 vcf 中突变7. 什么是 PED 文件8. 使用 vep 注释9. 如何进行转录组数据比对10. 如何计算基因表达量【Plink】Error: Multiple instances of '_' in sample ID.？
目录前言原因解决方法方法一：修改样本名方法二：修改--id-delim方法三：加入--double_id或--const-fid参数 前言 将vcf转化为plink格式时，命令如下： plink --vcf snp.vcf --recode --allow-extra-chr --out test 出现错误： Error: Multiple instances of '_' in sample ID. If you do novcf文件的index
GATK在处理vcf文件的时候，需要vcf文件有index文件。要么是*.vcf.idx， 要么是.vcf.gz.tbi. 假如一个vcf文件名为 “a.vcf”; . 1. 可以用“a.vcf”生成 “a.vcf.idx”,方法如下： igvtools index a.vcf #其实很多软件都可以做到 2. 可以用生成“a.vcf.gz.tbi”,方法如下：根据VCF构建进化树
VCF2Dis，是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 tar -zxvf VCF2DisXXX.tar.gz cd VCF2DisXXX make # 添加环境变量即可 2 示例文件进行简单使用 Usage: VCF2Dis -i <in.vcf> -o <p_dis.mat> #1.0) Parameters can used as short letterPython从vcf文件中读取手机号并进行去重操作
文章目录 1. Python代码2. test.vcf文件内容 1. Python代码 file = open('test.vcf', 'r', encoding='utf-8') tels = [] for line in file: line = line.strip('\n') contents = line.split(':') if contents[0] == &#plink软件初体验2--常用参数
plink软件是GWAS分析中常用的软件，它也是一个数据格式，plink里面有很多非常强大的功能，运算速度很快，是我日常分析中常用的软件之一。 之前写了一系列的GWAS教程，点击这里查看，这里继续进行。看到我的学习笔记帮助了一些同学，我也由衷的感到高兴。 这里，我将plink软件分为三部分： 格式人类WGS流程
目录1.测序2.流程概述3.raw data过滤4.比对5.局部重比对6.碱基质量校正（BQSR）7.变异检测（SNP和InDel）8.变异过滤9.CNV检测10.SV检测11.变异结果注释12.常见问题1）适合样本？测序深度？2）如何找候选变异？3）如何验证变异？ 1.测序 DNA样品超声随机打断，片段纯化，末端修复，3’端加 A碱基，两端加文库接头python通用读取vcf文件的类（可以直接复制粘贴使用）
前言 处理vcf文件的时候，需要多种切割，正则匹配，如果要自己写其实会比较麻烦，并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码。因此很多人会选择一些python的vcf的库，但是首先你得安装这个库， 并且有一些库它固定了能够读的内容，如果你的vcf的信息不在它固定的里如何将通讯录批量转换为vcf格式导入手机
文章目录前言利用网易邮箱转换功能撸代码进行转换后记 前言 vcf文件，可以导入安卓、苹果手机中，可以利用支付宝、QQ、微信的通过通讯录查找好友功能，补全想要查询的手机号码。 利用网易邮箱转换功能 将通讯录按照以下格式保存到excel中，第一列：姓名；第二列：手机号码 将excel另存为vcards(vcf)文件转Excel
有一个安卓手机导出的通讯录文件是.vcf格式的,想把这里面的联系人都提取出来,转换成Excel表格,网上有转换工具,不过吧是收费的, 看了一下Vcf文件还是很有规律的,感觉使用Io流读取信息,然后生成Excel问题还是不大的,我这里只提取了简单的名字和手机号码,应该可以有更多的信息 比如如何在Android中发送vcard /联系人/？vcf var SMS或MMS？
我想修改可以通过以下方式发送(联系人/vcard/.vcf文件)的Android源代码 彩信或短信,Android默认方式是通过蓝牙.我发现了很多方法,但是所有方法都不起作用.我知道vcf格式是这样的： BEGIN:VCARD VERSION:2.1 N:;lybeen;;; FN:lybeen TEL;CELL; PREF:1-123-234-1234 TEL;CELL:000-111Python IndexError：在VCF中查找SNP时列出索引超出范围
大家好,我应该使用Python脚本从vcf文件中的csv文件中的指定位置识别可能的SNP. 我刚开始使用python,可悲的是,我总是得到以下错误： Traceback (most recent call last): File "getSNPs.py", line 20, in <module> oo = line[2] + "_" + line[3] IndexError: list index outc#-.NET示例VCF阅读器
有谁知道使用C#/.NET从VCF文件中提取数据的好示例(在线答复或网络教程)？ 有人再使用VCF文件了吗？这对于联系管理系统是否值得？解决方法:我对此感到有些惊讶,因为它没有内置在.NET Framework中,但是我确实找到了本教程,打算使用它： .NET VCF Readerjava – 将Shift_JIS格式转换为UTF-8格式
我试图将Shift_JIS格式的文件转换为UTF-8格式.为此,下面是我的方法： >读取Shift_JIS文件 >每行的getBytes并将其转换为UTF-8>创建新文件并将UTF-8转换后的值写入其中 问题是在第2步没有发生转换.我使用下面的代码将Shift_JIS转换为UTF-8： InputStream inputStream = getContentResolPython库生成VCF文件？
知道任何好的图书馆吗？我做了一些搜索,没有遇到任何问题.某人某处之前必须这样做,我讨厌重新发明轮子.解决方法:我会看一下： http://vobject.skyhouseconsulting.com/usage.html(查看“使用示例”) 非常容易解析和生成vCal和vCard.