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【基因组注释】RepeatMasker和RepeatModeler安装、配置与运行避坑
目录1.conda安装2.配置RepBase3.RepeatMasker避坑4.RepeatProteinMask避坑5.RepeatModeler避坑后记 1.conda安装 conda安装虽然简单，但还是有很多坑，而且很多都是隐形的坑。 # conda install -c bioconda repeatmasker conda install -c bioconda repeatmodeler repeatmodeler依赖基因组注释之软件使用
1、RepeatMasker 1.1、输入 输入格式为fasta序列，不接受其它 GenBank, Staden,等格式。它既可以处理一个批文件(一个文件包含许多条序列)，也可以批处理许多文件(每个文件含有一条序列)。 RepeatMasker *.fasta 该命令将mask当前目录下所有的以.fasta文件结尾，并为每个文件提供生信 - 从repeatmasker传送门过来的 blast
以前有的是非完整时间写的博客，抽时间需要统一整理一下。 今天在重新装repeatmasker。 整个过程是这样的，有关联的事情有两个。 1. 装repeatmasker需要各种Prerequisites，其中就可能用到了blast，而之前一直找这个版本的blast，在ncbi硬是没有找到： For RMBlast ( NCBI Blast modified