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fasta AF2建模后处理
for fasta in *fasta; do if [ -e ~/Workfile/Alphafold2_Output/${fasta%.fasta}/ranked_0.pdb ];then echo $fasta; cp ~/Workfile/Alphafold2_Output/${fasta%.fasta}/ranked_0.pdb ${fasta%.fasta}.pdb; rm -rf ~/Workfile/Alphafold2_Output/${fasta%.fasta}/msas; rm ~/动态库创建调用（五）
工作记录 正常使用 动态库创建和调用中遇到问题如下： 1. 错误 LNK1201 写入程序数据库“D:\XXXXXX\Debug\XXXXXXXXXXDLL.pdb”时出错；请检查是否是磁盘空间不足、路径无效或权限不够 XXXXXXXXXDLL D:\XXXXXX\Debug\XXXXXXXXXXDDLL\LINK 1 解决方法：删除debug /x64 目录下Oracle-CDB&PDB
背景 Oracle 12C引入了CDB与PDB的新特性，在ORACLE 12C数据库引入的多租用户环境（Multitenant Environment）中，允许一个数据库容器（CDB）承载多个可插拔数据库（PDB）。CDB全称为Container Database，即数据库容器，PDB全称为Pluggable Database，即可插拔数据库。 当进入ORACLE 12C后，实例与数据库可sentry-cli 的 windows 安装
项目搭建时，发现在使用高版本 sentry-cli 上传 pdb 文件后会报 404 错误，同事猜测高版本的 sentry-cli 会返回错误的地址，建议我用低版本的试一下 依据教程，我在 windows 上安装 1.72.2 的 sentry-cli curl -sL https://sentry.io/get-cli/ | SENTRY_CLI_VERSION="1.72.2" bashgit添加被.gitignore忽略的文件
技术背景 在git操作中，有时候为了保障线上分支的简洁性，会在.gitignore文件中屏蔽一些关键词，比如可以加一个*.txt来屏蔽掉项目中所有带txt后缀的文件，还可以加上*test*来屏蔽所有的本地测试文件或者目录（当然，这个操作需要谨慎，有时候线上版本也需要同步测试案例）。那么如果想在被屏蔽的python之使用pdb调试代码
pdb模块属于python的代码调试模块，为Python程序定义了一个交互式的源代码调试器，你可通过它设置断点、逐行执行、堆栈检查等等常用调试功能。 导包：import pdb 使用： 一、添加断点 pdb.set_trace() 二、相关命令（在控制台输出）： 1.b(break) [[filename:]lineno] | function]：设置pdb使用
pdb使用 来源 https://zhuanlan.zhihu.com/p/37294138 如果你还主要靠print来调试代码，那值得花10分钟试试pdb这个Python自带的Debug工具。 pdb有2种用法： 非侵入式方法（不用额外修改源代码，在命令行下直接运行就能调试） python3 -m pdb filename.py 侵入式方法（需要在被调试的oracle 密码过期
oracle 密码过期 1.1 ORA-28001: the password has expired 环境用的pdb，日志显示连接pdb的时候密码过期 root登陆 sqlplus / as sysdba 切换到pdb alter session set container=ecstmp; 更改profile为不限制时间 ALTER PROFILE DEFAULT LIMIT PASSWORD_LIFE_TIME UNLIMITED; 更蛋白质统计偶联分析（Statistical coupling analysis，SCA）---模块一报错问题解决
蛋白质中氨基酸位点之间的偶联对其功能和结构非常重要,如果采用生物信息学的方法进行氨基酸位点的偶联分析,可以克服传统生物学实验方法难以从宏观角度进行系统的功能分析的局限，这就是所谓的蛋白质统计偶联分析（https://ranganathanlab.gitlab.io/pySCA/SCA命令行服务器调试python程序
以下面的程序为例 首先准备好代码 把100个epoch改成1个epoch，因为只是为了调试，至于我为什么不在本地调试，主要是本地的内存不够，跑不动的，所以我干脆在服务器上跑 import os import torch from torch.utils.data import DataLoader import pytorch_lightning as pl from vis_mode通讯录3.0（数据库版）
通讯录3.0版本 一、序言二、功能三、代码1、主函数2、函数声明3、功能函数 一、序言 这是使用数据库写成的通讯录 相较于链表与文件 更加的简洁 操作单一 主要是要记得懂得 数据库的命令 然后用C写出 最常用的两个函数 sqlite3_exec(pdb,sql,NULL,NULL,&errmsg) 第一个使用PDB在Notebook对python代码进行调试
导读 当我们使用编译器来开发python项目的时候，可以利用编译器的自带的调试功能来对python的脚本进行调试。其实，在python3.7以后自带了一个调试器PDB，可以很方便的帮助我们在notebook中对python的代码进行调试，这篇文章就让我们来看看如何使用PDB进行调试吧 PDB调试代码 一个简C++ 使用PDB Dump调试
C++ 使用PDB Dump调试 程序如果发给客户在生产环境下发生了崩溃，往往很难定位问题，利用PDB + Dump可以快速的帮助我们定位问题。本文的方法在使用Qt + MSVC编译器时同样可用。 1. 生成PDB文件。 vs在生成debug版程序时会自动生成PDB文件，release版可能不会生成，在工程名点击右键——属Python 调试器之pdb
Python 调试器之pdb 使用PDB的方式有两种: 1. 单步执行代码,通过命令 python -m pdb xxx.py 启动脚本，进入单步执行模式 pdb命令行： 1）进入命令行Debug模式，python -m pdb xxx.py 2）h：（help）帮助 3）w：（where）打印当前执行堆栈 4）d：（down）执行跳转到在当前堆python 调试工具pdb常用方法
ipdb.set_trace() 设置断点 l 1,18 查看第1-18行的代码 n next 执行下一步 s step 进入sum函数内部 u up 跳回上一层的调用 d down 跳到调用的下一层 !r 查看r变量，因为与 return 冲突 return 继续运行直到函数返回 x 查看x变量 c continue 直到遇到下一个断点 q 退出debugPython调试
使用PDB调试Python程序 类的调试——递归的学习Pytest之pdb
pdb ——是Python标准库的调试模块。在pytest中，可以直接使用 “--pdb" 参数在测试失败时开启调式 pytest --pdb #每次遇到失败就跳转到pdb pytest -x --pdb #在第一次遇到失败就跳转到pdb，结束测试执行 pytest --pdb --maxfail=3 #指定几次失败结束 （1）--pdb ：每次遇到失败python中使用dubug进行调试
Python怎么调试？python怎么debug？ debug是编码是非常重要的调试技巧，通过在运行过程中设置断点，可以帮助开发人员更好的理解运行过程。 Python的debug有两种方式： 1.在命令行中运行， 2.在脚本当中运行。两种方式都需要使用pdb模块。 方式一：在命令行中运行 1 $ python -m pdbVS2017 编译程序时提示 无法查找或打开 PDB 文件
一、前言 Vs2017在调试程序时出现 已加载“C:\Windows\SysWOW64\kernel32.dll”，无法查找或打开 PDB 文件，在调用堆栈窗口可以看到 未加载符号。 二、原因 未知。 三、解决 1、菜单栏 ---> 调试 ---> 选项 ---> 常规 --->勾选源服务器支持 及 符号服务器vs2015安装qt源码并进行调试
一 . 名词的解释 编译器部分: 1.msvc：微软出品，VS 默认的编译器2.GCC：GNU 出品，Linux下的编译器3.MinGw：GNU出品，将Gcc修改为支持Windows的编译器 调试器部分：1.GDB：GNU出品，linux下debuger工具2.GDB for mingw：顾名思义，还是一个鸟样，为了支持windows的调试搞的工具3.WinDg：Debugging tool fPython 日志、调试与单元测试
使用 logging 模块打印日志 import logging logging.basicConfig(level=logging.INFO) """ logging 共有四个级别： logging.INFO logging.WARNING logging.DEBUG logging.ERROR """ n = 2 m = 0 logging.info(f"n:{n}, m:{m}") """Python pdb 调试 命令
import pdb 直接在代码里需要调试的地方放一个pdb.set_trace() n 执行下一条语句 w where 打印当前执行堆栈 d down 执行跳转到在当前堆栈的深一层 u up 执行跳转到当前堆栈的上一层 b break 添加断点 tbreak：（temporary break）临时断点 在第一次执行到这个断点之后，就自动删除这个断autoCAD数据库读写
数据库写入 获取cad的安装路径 static bool GetCadPath(CString & strCadPath) { //获取cad的安装路径 DWORD dRet = GetModuleFileName(acedGetAcadWinApp()->m_hInstance, strCadPath.GetBuffer(_MAX_PATH), _MAX_PATH); if (0 == dRet) { return false; }（日常搬砖）python3.7内置调试器PDB
Python自带一个调试器, 在Python 3.7之后甚至成为内置调试器，这就是PDB. 这是使用Python的用户需要掌握的基本技能。 掌握此法后，可在jupyter notebook等对代码进行调试。 1. 如何实现 只需以下几行代码即可实现pdb模块。 import pdb #导入pdb包 pdb.set_trace() #在程序中设置处理pdb文件
import os from math import sqrt import numpy import torch from Bio.PDB import PDBParser from torch.utils.data import Dataset, DataLoader from torch.utils.tensorboard import SummaryWriter device = torch.device("cuda") class P450Dataset(Dataset)