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Gromacs分子动力学模拟流程概述
文章来源：“分子动力学”公众号 分子动力学模拟 Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤，不同的体系步骤可能略有不同。 预平衡 在开始之前，先简单了解一下预平衡： 分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样，然后计算体系的能量，各种化学键，成分分析等等。打个比方说，我们有Gromacs制作能量收敛的水分子层
制作可用于计算的介电常数的水分子层 总的来说，需要用溶解的方式制作gro文件，然后自己制作top文件，如果直接用pdb2gmx和用packmol制作的由单体水分子构成的分子层会使得分子之间成H键。 制作gro文件 gmx solvate -box 11 11 2 -cs spc216.gro -o water_test.gro 盒子的大小是配使用Gromacs制作蛋白质夹层
Gromacs制作蛋白质夹层 这里用的是拓扑库中已知的蛋白，所以不用x2top并且除了atom2type.n2t文件了。这里我先将把3j2u的链切成A和B两条，然后人工在packmol中测试其仿真盒子的最小大小，然后就在这个最小的盒子里放一个蛋白，按照13A、13B的方式排列，然后最后进行到NPT平衡。 切链 下