首页 > TAG信息列表 > 基因型
成功植物育种家的十大秘诀
目录 美国乔治亚大学教授Dr. Roger Boerma从事大豆育种达 40 年，总结了很多经验，其中最有名的就是在美国植物育种家协会上的演讲 “成功植物育种家所领悟的十件大事 (Ten Things a Successful Plant Breeder Understands)”。 翻译总结： 明确和探索满足环境和基因型的基低成本全基因组SNP分型策略
目录1. SNP芯片2. 简化基因组测序3. 全基因组低深度重测序 1. SNP芯片 目前最常用的全基因组SNP分型方法，主流的SNP芯片： Illumina Infinium技术。全基因组扩增，不需PCR，采用50 mer寡核苷酸探针退火，利用特异荧光基团判定基因型。 Axiom原位光刻技术（原Affymetrix公司，后被Thermo收购）。使用基因型数据计算近交系数
001、plink --het （纯合度近交系数） root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped root@PC1:/home/test# plink --file outcome --het 1> /dev/null root@PC1:/home/test# ls outcome.map outcome.ped plink.het plink.log root@PC1:/home/test# head plink.het #基础名词_单倍型
单倍型分析_0713 单倍型定相软件（定相和插补很重要） Fisher精确检验 单倍型特异性关联分析 基因型/单倍型推断 基因型插补：通常将单个样本的单倍型定相作为前驱步骤进行，以降低插补步骤的运行时复杂性并改善插补。 HapMap：国际HapMap项目是一个旨在开发人类基因组单倍型图（HapMap）的组织，拓端tecdat：R语言因子实验设计nlme拟合非线性混合模型分析有机农业施氮水平
原文链接：http://tecdat.cn/?p=24134 原文出处：拓端数据部落公众号 测试非线性回归中的交互作用 因子实验在农业中非常普遍，它们通常用于测试实验因素之间相互作用的重要性。例如，可以在两种不同的施氮水平（例如高和低）下进行基因型评估，以了解基因型的排名是否取决于养分的可用性。对哈工大演化计算PPT1（精译）
演化计算 一、主要的进化计算比喻二、达尔文进化论三、演化计算的动机四、问题类型四、进化算法：4.1 回顾演化计算比喻4.2 进化算法的一般方案4.3 基本组件4.4 八皇后问题 一、主要的进化计算比喻 健康：生存和繁殖的机会 质量：播种新解决方案的机会 二、达尔文进化论 达Science综述 | 用单细胞基因组学将人类细胞表型匹配到基因型
原文地址：https://science.sciencemag.org/content/365/6460/1401 <更多精彩，可关注微信公众号：AIPuFuBio，和大型免费综合生物信息学资源和工具平台AIPuFu：www.aipufu.com> Mapping human cell phenotypes to genotypes with single-cell genomics 摘要 身体所有细胞的累积活动linkage disequilibrium|linkage equilibrium
I.9 Linkage INDEPENDENCE OF GENOTYPES AT TWO LOCI：若A,B是两个独立位点：PA是基因A的概率，PB是基因B的概率。因为基因A与基因B是相互独立的位点，所以基因型AABB的概率为PAABB=(PA)^2*(PB)^2 A RETROSPECTIVE DERIVATION.： 前提一：假设存在两个种群，这两个种群中：A的基因频率PA=1rare alleles
I.4 Where the rare alleles are found p是基因A的频率，N是个体数目（也就是基因型个数，所以基因个数是2n，所以全部个体的基因A的个数是2np），p方是PAA，np2是：基因型是AA的个体数目，所以所有基因型是AA的个体的基因A的个数是2pn2；得到： 该比值是全部A基因中处于AA纯合基因型中的含量，为p（通伴性遗传-基因型频率和基因频率
归纳总结：伴X遗传，雄性中Xb的基因频率等于基因型频率，在雌性中，Xb基因频率也等于雄性中Xb基因的频率。因为雌性有两条X染色体，其遗传符合遗传平衡定律，即：(P+Q)²=P²+2PQ+Q²=1，P代表代表XB ‚Q代表Xb，P²代表XBXB，2PQ代表XBXb，Q代表XbXb。