lammps教程：以计算Fe晶格常数为例介绍jump命令使用

使用lammps进行分子动力学模拟，有时候会遇到变换模拟参数进行多次模拟的情况，比如变换不同的温度进行模拟，分析不同温度的影响。
这种情况下，只需要改变in文件中的温度就可以。
实现的方法有两种，一种方法是建立不同的in文件，每个in文件使用不同的温度参数，缺点是在提交运算的时候需要多次提交。
第二种方法是把所有的温度取值写到一个in文件中，使用jump命令循环执行不同温度下的模拟。
使用这种方法即可实现一次提交多次运行的效果。
jump语法为：

jump file label

file为跳转的文件名，label为跳转到新文件后，运行的起点标志。
#跳转到newfile文件，从头开始执行
jump newfile
#跳转到in.run2文件，从runloop标签处开始执行

jump in.run2 runloop

下面以计算Fe晶格常数为例练习jump的使用，这个例子在网络上经常可以看到，对于初学者来说，也是一个不错的练习案例。

实现的原理是设置一组晶格常数，使用jump命令依次运行不同的晶格常数，每次运行时计算一个能量值。
运行完成后绘制晶格常数与能量曲线，找出能量最低值对应的晶格常数即为Fe的晶格常数。
当然，这一组晶格常数是离散值，只能近似求解，取值间隔越小，数量越多，得到的结果精确。

# in.Fe Stefan Bringuier
#设置jump执行入口标志
label lata
#设置晶格常数a的不同取值
variable a index 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 3.0 3.1 3.2
#模型基本设置
units		metal                       
atom_style	atomic                      
boundary        p p p                       
#以变量a的值创建盒子并填充原子
lattice		bcc $a                      
region		box block 0 5 0 5 0 5      
create_box	1 box                       
create_atoms	1 box                      
mass		1 55.85                       
#设置力场
pair_style eam/fs                          
pair_coeff * * Fe_mm.eam.fs Fe              

neighbor	0.3 bin                     
neigh_modify	every 20 delay 0 check no
#输出轨迹文件
dump myDump all atom 10000 dump.${a}
#nve系综
timestep 0.001
fix		1 all nve                      
thermo		500                           
thermo_style custom step pe ke temp vol press 
run  10000		                      
#计算单原子能量=总势能/原子个数
variable Ecoh equal pe/count(all)  
print "Lattice parameter (A): $a" 
print "Cohesive Energy (eV/atom):  ${Ecoh}"
#清屏
clear
#获取下一个a的值
next a
#跳转到in.Fe文件lata处重新运行
jump in.Fe lata

更多lammps案例，关注微信公众号：lammps加油站

标签：文件,lammps,为例,jump,Fe,跳转,常数,晶格
来源： https://blog.csdn.net/lammps_jiayou/article/details/115261578