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本周最新文献速递20201227

作者:互联网

本周最新文献速递

文献题目: Integrative Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq Analysis of Human Developmental Hematopoiesis

不想看英文题目: 整合单细胞RNA-Seq和ATAC-Seq数据分析人类发育过程中造血细胞的演化路径

杂志和影响因子: Cell Stem Cell (20.86 1区 )

研究意义: 人类发育过程中造血功能调控尚未被很好的研究,通过整合scRNA-seq和scATAC-seq分析,对血细胞分化过程中转录和表观层面变化提供更加深入的了解;

结论:

1)整合单细胞RNA-Seq和ATAC-Seq数据,研究胎儿(17-22 pcw)肝和骨髓组织8,000多个人类免疫血细胞;

2)使用ForceAtlas2推断单细胞的分化轨迹,鉴定了造血干细胞/多能祖细胞(HSC/MPPs)下游三个高度增殖的寡能祖细胞;

3)HLF和HOXA9为HSC/MPPs的主要调节子;

4)HSC/MPPs簇在转录上为高度未成熟的细胞群;

5)与肝脏相比,股骨HSC/MPPs中基因表达数量比较少。股骨中HSC/MPPs显著上调基因涉及核小体装配、染色质装配和DNA组装过程,肝脏中HSC/MPPs显著上调基因主要与肌动蛋细胞骨架重塑、细胞粘附和迁移相关。

文章链接:

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33352111/

doi: 10.1016/j.stem.2020.11.015

公开的资料:

raw RNA-Seq data: E-MTAB-9067(ArrayExpress)

raw ATAC-Seq data: E-MTAB-9068(ArrayExpress)

Code: https://gitlab.com/cvejic-group/integrative-scrna-scatac-human-foetal

文献题目: Shared DNA methylation signatures in childhood allergy: the MeDALL study

不想看英文题目: 儿童过敏症中共有DNA甲基化标志物研究:MeDALL队列

杂志和影响因子: J Allergy Clin Immunol (10.228 1区)

研究意义: 与过敏相关的差异DNA甲基化可为哮喘、鼻炎和湿疹的共享病因学提供新颖的见解。

结论:

1)在发现队列(1457例样本)中鉴定了8​0个候选的差异甲基化CpG位点;

2)21个CpG位点在荟萃分析后(发现队列1457例样本+重复队列1436例样本)超过全基因组阈值;

3)21个CpG位点在过敏症状中均呈现差异甲基化,揭示哮喘,鼻炎和湿疹之间存在共享的CpG位点;

4)21个CpG被映射到ACOT7、LMAN3和CLDN23等基因;

文章链接:

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33338541/

doi: 10.1016/j.jaci.2020.11.044

文献题目: PLEIO: a method to map and interpret pleiotropic loci with GWAS summary statistics

不想看英文题目: PLEIO:使用GWAS摘要统计信息映射和解释基因多效性

杂志和影响因子: Am J Hum Genet(10.502 1区 )

研究意义: 识别和解释基因多效性对于理解复杂表型之间共同的病因至关重要。映射基因多效性的常用方法是对多个性状的GWAS摘要统计数据进行荟萃分析。但是,这种方法无法考虑到表型之间的复杂遗传结构,例如遗传相关性和遗传性。此外,不同表型通常具有各自的特征和单位,因此基因多效性的解释则相当具有挑战性。

结论:

基于以上的背景,作者开发了基于GWAS摘要统计的PLEIO方法,该方法可在多种疾病和复杂性状中联合分析以及解释基因的多效性;

文章链接:

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33352115/

doi: 10.1016/j.ajhg.2020.11.017

公开的资料:

https://github.com/cuelee/pleio

标签:HSC,Seq,MPPs,基因,速递,CpG,https,文献,20201227
来源: https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/14203288.html