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化学生物学进展_04

作者:互联网

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为什么关注的是Proteome和Phosphoproteome,仅仅关注一个基因和蛋白类似盲人摸象,所以更关注整个系统的研究而非单个的蛋白和基因
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能够用质谱检测的probe

chemical reporter(analogies糖、lipid 叠氮 炔基和wt分子长得很象,和wt在细胞中的behavior一样)–根据化学反应–缺点:质谱仪测

如果用amino acid做analogies,最好选用essential 的amino acid,只能通过体外加进去的amino acid
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比较特殊的是argine,是conditional essential amino acid
最常用的是lysine
对于大多数氨基酸的类似物而言,tRNA无法识别,需要重新对tRNAenginering识别annalogies,但是如果氨基酸上面是同位素的change,例如c12-c13,n14-n15,这样的话,分子结构和化学性能基本没有区别,区别在于质量
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探针-稳定同位素标记
对应的细胞medium和serum也要改
SILAC medium
dialyzed serum
SILAC amino acids
同位素标记的amnio acid掺入细胞,酶解后放到质谱仪进去,silac常用作定量蛋白
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silac另外的应用在于蛋白互作分析
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细胞被病毒感染以后,细胞内所有protein的变化
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衰老过程redox调控(cys等残基的修饰)氧化还原调控蛋白的定量分析
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服用抗氧化药物对长寿没有帮助

长寿的方法:
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限制热量/锻炼比较多/NAD 二甲双瓜 ------都会大量产生ROS
原本的观点认为–衰老人体中氧化增多–
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cys旁边是一个arg 碱性基团容易氧化;-oh容易被碱性基团,容易被氧化,被亲核攻击
cys旁边若是一个酸性基团,则不容易被氧化

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用二氧化钛和铁的beads 富集这种CPT的peptide
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结论:
1.产生活性氧的mito氧化低,golgi里面高;
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为什么:认为ROS多,配位活性氧的蛋白,也就是抗氧化蛋白多,所以氧化程度低;
2.衰老,氧化的程度没有增加,但是位点发生了很大变化
就是说:同一个蛋白,在同一个人幼年和衰老的时候氧化的位点不同,在功能上上是不是年老时候的蛋白是不是承担着不同的功能。

衰老对代谢的影响
血清当中的代谢产物在年轻和衰老的时候很不一样–可以读一下相关的文章
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mTORc1 pathway增加细胞的活动

代谢通过调控免疫细胞影响肿瘤

研究代谢通路很重要的领域:isotope tracing
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质谱-色谱分析

isotope tracing
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可以看哪些通路激活哪些通路抑制
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SILAC–对细胞生长有一定的影响,使得在culture的细胞收到的影响小些,轻标–实验组,重标–control
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标签:氧化,04,进展,细胞,衰老,生物学,acid,蛋白,amino
来源: https://blog.csdn.net/bleuealeine/article/details/104823166