不好好做图的NSC系列(七):跟着cell学习用散点图展示韦恩图的效果
作者：互联网
好久不见！
今天我们重复和学习这篇cell文章的Figure 3D。仔细看图，这个散点图表示的是两种细胞中上调的基因，很明显散点作图用的是基因Log2FC做的。再仔细看看，这个图的另一个意思其实就是韦恩图，A中上调的基因用一个颜色表示，B用一个颜色表示，共有的用另外一种颜色。很有趣的一张图。
首先我们也准备两组细胞的差异基因变化倍数数据，数据纯属虚构！
setwd("E:/生物信息学/韦恩图+散点图")df <- read.csv("A.csv",header = T)
这个散点图有意思的地方在于不同的点用不同的颜色表示。看过火山图(转录组不求人系列(十): NCS级别的火山图，总有一款适合你！)的小伙伴应该很快就能想到，有一个函数可以实现这个做法，那就是ggscatter。接下来加载包并定义不同的组。
library(ggpubr)library(ggthemes)df$group = 'ns'#添加一组df$group[which(df$A_log2FC>12)]='A'#A上调基因df$group[which(df$B_log2FC>8)]='B'#B上调基因df$group[which((df$B_log2FC>8)&(df$A_log2FC>12))]='AB'#AB共同上调基因
画散点图：
ggscatter(df,x= 'A_log2FC',y= 'B_log2FC',color = 'group',palette = c("#28A0A3", "#729730","#BD3342","#BBBBBB"),size = 2)+ theme_base()
这里有个问题需要说明，那就是颜色排序，我们可以看右侧group，默认是按照首字母排序的，所以在palette这里颜色可以按照这个排序。
这个图中很显然，不同的点圈起来了。可以通过后期AI修饰手动添加。这里我们回顾下，PCA画图添加过置信椭圆(转录组不求人系列(三)：PCA分析及CNS级别作图)，试试能不能用这个办法添加。ggscatter函数中有置信椭圆设置，所以是可以的。效果如下。
ggscatter(df,x= 'A_log2FC',y= 'B_log2FC',color = 'group',palette = c("#28A0A3", "#729730","#BD3342","#BBBBBB"),size = 2,ellipse = T,ellipse.level=0.8,ellipse.alpha=0)+ theme_base()
这样我们就实现了cell文章中的效果了。至于其他的添加文字等，需要用软件编辑！
今天这个内容你学会了吗？还不快点赞+关注！！！
标签：group,ggscatter,df,基因,NSC,韦恩图,散点图,log2FC 来源： https://blog.csdn.net/qq_42090739/article/details/122601030