windows R语言 生物序列分析（一） 环境安装
作者：互联网
1.R（https://cran.r-project.org/bin/windows/base/old/3.6.3/R-3.6.3-win.exe）
为了确保之后的各种包能正常使用，这里使用3.6.3版本，过早或过新一些包都不会支持（比如amplicon）。
其他默认即可。
如果已有Rstudio，但R版本不同，需要切换版本，（比如目前是4.0.3），点击Rstudio菜单栏的Tools->Global Options:
点击General的R version的charge按钮，
选择目标版本，点击ok重启Rstudio即可。
2.Rstudio （https://download1.rstudio.org/desktop/windows/RStudio-1.4.1103.exe）
下载后与第一步的R安装在同一目录下。
3. 数据库
rdp_16s_v16.fa 和silva_16s_v123.fa在http://www.drive5.com/usearch/manual/sintax_downloads.html下载
4.usearch和vsearch：
将下载后的两个exe文件放在某个文件夹内，并在环境变量（此电脑右键->属性->高级系统设置->高级->环境变量）的系统变量->Path中添加刚刚的文件夹路径，比如我将他们放在D盘的Rsearch文件夹下：
点击确定后重启（如果已启动）Rstudio就能够使用。
5.awk
后续分析所使用的awk命令为Linux命令，windows则需要安装单独的包以实现其功能。
不用修改直接一步next就行。
注意，在windows中（比如cmd命令），要把awk命令的单引号换成双引号，例如把awk 'NR==FNR{a[$1]=$0}NR>FNR{print a[$1]}' result/raw/otus.sintax temp/otutab.id > result/otus.sintax修改为awk "NR==FNR{a[$1]=$0}NR>FNR{print a[$1]}" result/raw/otus.sintax temp/otutab.id > result/otus.sintax
标签：FNR,windows,awk,result,序列,Rstudio,安装,sintax 来源： https://blog.csdn.net/qq_36614557/article/details/113381772