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Lammps例子：弹性常数的计算（转摘）
转摘自知乎：https://zhuanlan.zhihu.com/p/359014805?utm_medium=social&utm_oi=869273158199443456。这个解释很清晰，帮助理解。 一、广义胡克定律 材料在线弹性范围内，应力 与应变 成正。由于一些剪切条件的等价性和对称性，对于对称性最差的三斜晶系，独立的弹性常数可减至21lammps教程：2D正弦粗糙界面建模建模教程
大家好，我是小马老师。 在前面的推文中，介绍了一维正弦粗糙界面的建模方法。 本文给出二维正弦粗糙界面建模代码。 二维曲面和一维曲面建模原理一样，只要能够构造出二维曲面的方程即可。 一维曲面沿y方向没有变化，而二维曲面y方向同样按照正弦曲线变化，因此，需要在方程中加入y的变在集群的个人账户下安装20版本 lammps（2019版本inter编译器，lammps安装版本为3Mar2020, 集群版本为Centos 7.5）
下载软件 1 wget https://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz 复制软件到/opt/software目录 1 cp lammps-stable.tar.gz /opt/software 解压 1 tar xvf lammps-stable.tar.gz 得到lammps的目录 1lammps案例 delete_atoms命令实现球壳结构建模
球壳结构在先进复合材料的发展中具有特殊的意义，因为它们可以有效地将不同的组分在纳米尺度上聚集在一起，这种结构的优点很大程度上依赖于核心和外壳的关键设计。本文将介绍一种球壳分子模型的lammps建立过程，本教程适合于新手，同时希望专业前辈提出不足。 如下图为本文建立gulp中sw势能模型转为lammps格式
SW势能是分子动力学模型中相对较为简单的3体经典势能模型，其计算量小，能够描述结构中2体的键和3体的键角等信息。 通常是在gulp中实现sw势能模型中各参数的拟合，但是gulp中sw2和sw3的公式与lammps中公式有区别，可以分别查阅gulp和lammps的手册，很容易实现两者的相互转换， 但是本文要指lammps 在Ubuntu 16.04LTS服务器并行安装—— ATC 扩展包的安装
本文来源：“分子动力学”公众号 原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/box3_u5LpB9GtQlevt1DDQ 假装所有的依赖包都没有安装，那么在root权限下输入下面的命令：apt-get install gccapt-get install g++apt-get install mpi-default-apt-get install libfftw3apt-get install gfortLAMMPS分子动力学及第一性原理
LAMMPS分子动力学模拟技术与应用 LAMMPS基础入门，MD的基础知识，LAMMPS进阶【石墨烯，金属材料模拟】【纳米流体模拟专题】【多成分体系模拟专题】 有机物无机物混合体系模拟专题【CVFF立场】等等 第一性原理材料模拟及催化反应计算 计算模拟在材料研究中的应用简介，密度泛函基础理LAMMPS学习系列（14）
实例二（1）由于分子动力学的结果一般要经过多次模拟，再进行统计分析，所以为了简化我们交作业时的繁杂过程，在正式介绍实例二之前，这里先介绍一个LAMMPS中常用的循环计算方法（辅助命令variable, clear, jump,next 以及quit命令的结合使用，以之前介绍的弛豫过程为例，in.relax）：其中:variabllammps安装（无root权限不联网不配置环境变量）
简介 LAMMPS是一种经典的分子动力学代码，着重于材料建模。它是原子/分子大规模并行模拟器的首字母缩写。 LAMMPS具有固态材料（金属，半导体）和软物质（生物分子，聚合物）以及粗粒或介观系统的潜力。它可以用于对原子建模或者可以用作原子中观或连续谱规模的并行粒子模拟器。LAMMPS在单关于LAMMPS输出【Output】的问题
无论任何模拟，我们都是想从模拟中得到我们想要的数据【data】，然后分析这些数据，从而提取出相关的信息【MAYBE新的发现】，那么数据的输出是必然的一道程序，下面谈谈LAMMPS软件是如何输出data。LAMMPS中处理的输出数据主要分一下三个大的部分：1.断点数据，这个主要是为了防止模拟过程中出现LAMMPS中的系综（NPT/NVT）命令
语法： fix ID group-ID style_name keyword value ... ID 是fix名，group-ID是fix所作用的群组名。这两个是所有fix命令都需要的。 style_name可以选择NVT、NPT或者NPH 关键词keyword和对应的数值value可以添加 keyword = temp or iso or aniso or tri or x or y or z or xy orlammps教程：平均值输出fix ave/time命令详解
lammps模拟输出方式有很多，前面几篇文章也介绍过，对于模拟总体系的值一般使用thermo命令输出，而单个原子的变量值使用dump命令输出。 今天主要讨论一下体系量值的输出，使用thermo命令有两个缺点： 其一，默认情况下，thermo输出的结果存储在log.lammps文件中，在进行数据处理的时需在log.怎么开始分子动力学lammps的学习？
分子动力学模拟是一种研究分子体系结构与性质的重要方法，已被广泛用于化学化工、生物医药、材料科学与工程等学科领域。计算机模拟的方法省时省力，可以用来求解解析理论无法求解的问题，模拟实验做起来困难或不可能做的条件，得到更贴近实际体系的结果。 LAMMPS由美国Sandia国家实验室lammps案例：高熵合金FeNiCrCoCu纳米压痕模拟
本文介绍高熵合金FeNiCrCoCu纳米压痕的案例代码。 主要模拟过程： 1. 建模 FeNiCrCoCu合金比例为1:1:1:1:1，以Fe晶格为基础建立基体，使用set type/ratio命令按比例替换为其他原子。 需要注意的是set type/ratio为lammps新命令，在老版本的lammps中可能无法识别，如果提示set type/ratLAMMPS学习系列（2）
LAMMPS学习系列（2） 初始模拟系统设置 LAMMPS提供的命令有很多，其中经常用于初始模拟系统设置的只有4个，分别为 units, boundary, atom_style, 还有一些比较不常用的（不常用的就是设置为默认值）有dimension，neighbor等 对于units命令，手册的介绍为： 简单来说，units命令是用来定义整个lammps教程：以计算Fe晶格常数为例介绍jump命令使用
使用lammps进行分子动力学模拟，有时候会遇到变换模拟参数进行多次模拟的情况，比如变换不同的温度进行模拟，分析不同温度的影响。 这种情况下，只需要改变in文件中的温度就可以。 实现的方法有两种，一种方法是建立不同的in文件，每个in文件使用不同的温度参数，缺点是在提交运算的时候需LAMMPS分子动力学模拟
分子动力学模拟（Molecular Dynamics）是近年来飞速发展的一种分子模拟方法，已经被广泛应用于化学化工、材料科学与工程、物理、生物医药等科学和技术领域，起到越来越重要的作用。MD模拟用来研究不能用解析方法来解决的复合体系的平衡性质和力学性质 ，用来搭建理论和实验的一个桥梁lammps案例:气体扩散模拟代码
分享一个气体扩散模拟案例。 在三维空间内随机填充100个气体原子，初始化温度后，原子获得初始速度。 在nve系综下，原子在lj力场下势能和动能相互转化，产生扩散现象。 温度越高，扩散速度越快。 代码已经全部注释，仅供参考。 in文件代码如下： #气体粒子数量 variable npart equal 100Matalb定制LAMMPS data文件
== 有朋友问到我Matlab如何制作lammps的data文件，因为我们经常需要自己写data（增加一些官能团、删减原子等）。这里涉及几个问题：== 1、如何读取data文件的原子坐标、角度、键等信息； 2、如何写出Lammps可以识别的data文件格式；这里以atom_type ：full STEP 1，我们要按Lammps的要求2021年【线上】lammps分子动力学技术实战培训班
材料模拟分子动力学课程 3月19号--22号 远程在线课 lammps分子动力学课程 3月12号--15号 远程在线课 第一性原理VASP实战课 3月25号—28号 远程在线课 量子化学Gaussian技术实战课 4月9号--12号 远程在线教学 报名联系方式：杨春娇 手机（微信同号）：17777853361 官方咨询QQ：3342021-1月 最新 “LAMMPS分子动力学技术与应用”线上实战
关于举办“LAMMPS分子动力学技术与应用”线上实战培训的通知 各有关单位: 分子动力学模拟是一种研究分子体系结构与性质的重要方法，已被广泛用于化学化工、生物医药、材料科学与工程、物理等学科领域。传统实验需要大量的人力物力而且耗时，而计算机模拟的方法省时省力，可以用来