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PubMed文献数据挖掘

  这里集合了人类目前几乎所有的生物医学的智慧,可以做的东西太多了,就怕你没想象力。   第一步:下载数据 # go to pubmed ftp and get files cat file.list.raw | grep pubmed22 | grep -v md5 | cut -f1 -d' ' > file.names cat file.names | wc -l # https://ftp.ncbi.nlm.nih.

这款PubMed插件,立刻发现问题论文!科研必备

相信大家平时看到最多的就是,某某院士涉嫌学术造假之类的话题。那么这些信息最早是从哪里看到的呢?那就是Pubpeer,一个在线的同行评议网站。在你的论文发表之后,还有有很多专家学者对你的论文提出问题,匿名或者实名评论。如果被期刊编辑知道,进行核实之后,将会撤销论文。 那么我们在Pu

VOSviewer初步学习

今天看到了colibactin的相关文献,想了解了解。在Pubmed上检索“colibactin”,得到近200篇文献,突然想可视化分析这些文献,看能否看到一些关键信息。百度看到了VOSviewer还不错,对新手比较友好,就决定是它了。 一、下载 下载网址:https://www.vosviewer.com/download 压缩包解压后,里

节点分类任务中的引文网络benchmark

节点分类任务中的引文网络benchmark 参考: 《A Comprehensive Survey on Graph Neural Networks》《Graph Representation Learning》 引文网络及其数据集 引文网络由论文、作者及其引用关系组成。在引文网络中,论文(节点)通过引用关系(边)相互链接,这些论文需要被分为不同的组/类别

PyG下载、处理、探索Cora、Citeseer、Pubmed数据集【PyTorch geometric】

发现PyG已经有了封装好的数据加载、预处理模块了。感觉自己之前处理Cora、Citeseer、Pubmed都白搞了。所以现在我决定站在巨人的肩膀上

爬虫获取pubmed中文献的标题和摘要

为了满足快速浏览pubmed中相关文献标题和摘要的需求,写了个简单的爬虫(目前只实现了单个关键词以及多个关键词的and检索),用于批量获取感兴趣文献的标题和摘要。 使用编辑器是python,所编写的爬虫主要使用requests模块+正则表达式。使用requests.get()来获取请求,使用re模块中re.c

使用R进行pubmed爬虫

工具 RISmed(library) 中文社区居然没有他的介绍让我匪夷所思,于是乎我做一个简易的介绍吧. 安装 install.packages('RISmed') 使用 library(RISmed) 首先我们要定义一个搜索的tag: search_tags = 'sleep' 然后就可以十分暴力的调用函数了: EUtilsSummary Usage EUti

如何从efetch(Biopython,Entrez)中提取摘要?

我是python的新手,并希望使用bio软件包中的entrez系统从pubmed中提取摘要. 我得到了电子搜索,以提供我的UID(存储在my_list_ges中),也可以使用efetch下载条目.但是现在,结果是字典列表,条目看起来像字典,但我无法访问它们: Entrez.email= "my-email@provider.sth" handle=Entrez.ef