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获取单个基因的fst信息

#!/bin/bash echo "par1 is gene,par2 is fst_file" #awk '{(if ($3==gene) print $0}' $2>gene_info grep -i $1 gene_info|awk '{print $2,$3,$4}'>${1}_info while read chr start end do awk -v chr=$chr -v start=$start -v end=

转录相关signalling pathway活性打分 | 常见打分系统

  历史分析： pathway是一个不得不研究的主体，比如我们的paper就给很多GO pathway的基因打分了，很简单就是一个求均值。 关于complex的活性打分，就得使用几何平均，因为缺失任何一个都会导致complex失活。   现有工具： AUCell allows to identify cells with active gene sets (e.g.

python中 从gff文件提取指定基因信息

  1、测试数据下载：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/gff3/arabidopsis_thaliana/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.44.chromosome.1.gff3.gz       2、 [root@PC1 test2]# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.44.chromosome.1.gff3.gz [root@PC1 test2]# gunzip

第7篇英语翻译

重点单词： determine  v.确定，查明，决定 align    v.平行 ，使一致 ，排成一条线 ，调整 score   v.评分， 计分 matter  n.事情，问题 ， 情况  as a matter of fact  n. 事实上 optimal adj.最佳的，最优的。 match  v.匹配 ，符合 ，使一致 ，比得上， 满足 n. 比赛 ， 敌手 火柴 minus n . 减号

2020-007 Excel处理基因名要小心啊

Excel处理基因名要小心啊 最近在处理数据的时候，基因名的转换出现了一些奇怪的错误。 de了一番bug后，发现Excel的基因列居然存在日期？ wtf？ 这Excel也太坑了。 查了一下资料，原来在2017年，科学家们就发现了这个错误。 Excel随意篡改20%的遗传学论文! 今年（2017年）8月份，三位科学家在

python 简易版 遗传算法

简易的遗传算法，使用时需要按照自己的需求修改fitness_func 函数 import random def fitness_func(code): # code 为01字符串 c_value = int(code, 2) return -(c_value - 1) * (c_value - 41) * (c_value - 480) class GA(object): def __init__(self,

[GSEAPY] 在Python里进行基因集富集分析

前言 在生物信息学数据分析中，许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python) GSEApy is a python wrapper for GESA and Enrichr. It’s used for convenient GO enrichments and

BGI-College生信入门2——什么是数据？

从直觉上看，数据貌似很好理解，但真正要说清楚数据这个词却有点困难。 想一想，数据到底是什么呢？ 数据的定义实际上包含两方面内容，即信息的符号和设计。 其中信息的设计，也就是数据的格式，决定了读者从中获取有效信息的难易程度。 人们经常忽略的一个事实——数据的格式和数据本身同等

Java贪心算法解决基因拼接（Gene Assembly）问题

使用贪心算法解决基因拼接（Gene Assembly）问题： 贪心算法一般按如下步骤进行： ①建立数学模型来描述问题 。 ②把求解的问题分成若干个子问题 。 ③对每个子问题求解，得到子问题的局部最优解 。 ④把子问题的解局部最优解合成原来解问题的一个解 实验内容： 一、实验目的 练习使

富集分析的原理与实现

一般做完差异分析都会做这一步，目的是找到差异基因富集到的通路，进而与生物学意义联系起来。具体的统计方法很简单，这篇笔记里面的代码可以从零搭建一个富集分析工具。 后台回复20211007获取本文的测试数据和代码，以及（单细胞）转录组分析中可能用到的GO KEGG富集分析代码（这部分本文不演

文献复现 | The support of human genetic evidence for approved drug indications

文献复现是非常重要的技能，能迅速模仿顶尖的研究也是不错的能力，中二的叫法就是“写轮眼”。 核心： 熟悉数据 大致知道基本的算法 知道分析核心的目的   复现第一篇： The support of human genetic evidence for approved drug indications - NG   核心：一个卡方检验，所有的gene可

【UCSC Genome Browser】Genes and Gene Predictions - GENCODE

【UCSC Genome Browser 大乱炖】Genes and Gene Predictions - GENCODE GENCODE 是Sanger研究院维护的基因组功能注释数据库（https://www.gencodegenes.org），UCSC浏览器整合了这一数据库，方便研究人员对基因信息进行研究。 GENECODE 配置信息 点击GENCODE v32可以对显示参数进行

批量富集分析气泡图的画法

目录 前言 一、compareCluster函数 二、使用步骤 1.加载包 2.读入数据 3.处理数据数据  4.ID转换 5.通路富集 6.可视化 总结 前言         clusterProfile是常用的基因富集分析的包，之前已经介绍过了对但样本集合进行富集分析的操作。本次我们尝试一下使用包中的compare

批量注释基因到基因座上(map gene to locus)

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ggplot画gene structure和alternative splicing | ggbio | GenomicFeatures

见上篇：genome browser | ggplot | 基因组可视化 | R | transcript | isoform   新需求（画出Fig 4D上面的辅图）：   山寨版，分析解构： 首先去method里找，完全没写是什么工具画的，那就猜吧； 其次看配色和对齐方式，基本肯定是ggplot画的，但仍然查不到是什么工具； 最后，能猜到这是卡通图，并不是

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单细胞测序 基因调控网络 Gene regulatory networks基因不是独立发挥作用的。相反，基因的表达水平是由与其他基因和小分子之间的复杂调控决定的。揭示这些调控作用是基因调控网络（GRN）推断方法的目标（SCENIC | 从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型）。 基因调控网络推断是基于对基因

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目录问题思路 问题 原问题来自：How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions？ 其实可分为两个问题： 一是我组装了一个新的基因组，做了多个注释版本，如何比较它们的feature？比如gene 二是我组装了一个新的参考基因组，并做了注释，想和其他已有的同物种参考

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【基因组注释】GMAP安装使用问题

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