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成功植物育种家的十大秘诀
目录 美国乔治亚大学教授Dr. Roger Boerma从事大豆育种达 40 年，总结了很多经验，其中最有名的就是在美国植物育种家协会上的演讲 “成功植物育种家所领悟的十件大事 (Ten Things a Successful Plant Breeder Understands)”。 翻译总结： 明确和探索满足环境和基因型的基方法学文献
综述 全基因组关联研究 全基因组关联研究的优点和局限性 多基因疾病性状的遗传相关性：从理论到实践 使用汇总关联统计分析复杂性状的遗传学 大规模遗传研究中的统计功效和显着性检验 通过统计精细映射从全基因组关联到候选因果变异 用于全基因组关联研究及其他方面的元分析方法 神GWAS全基因组关联分析
作者：黄树嘉链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/59767114来源：知乎 来源：https://www.jianshu.com/p/acdc4a22e30a 作者：努力呗还能咋样呐 https://www.bilibili.com/read/cv6999299 出处：bilibili 关联分析（Association）：在交易数据、关系数据或其他信息载体中，查找存在于项目集合或对象多性状分析中Factor Analysis Model的用法及相对于多性状分析的优势
因子分析模型, Factor Analysis models 注意, 这里的因子分析, 不是多元分析中的因子分析(与主成分分析类似), 这个因子分析主要出现在遗传评估领域, 比如植物, 林木中多地点数据的分析, 动植物中多性状分析计算遗传相关时. 优势 由于它可以减少方差组分估算的个数, 特别是在多性DMU-单性状重复力模型-学习笔记3
单性状重复力模型 本次主要是演示如何使用DMU分析单性状重复力模型. 重复力模型和动物模型的区别: 不是所有的性状都可以分析重复力模型, 首先重复力模型是动物模型的拓展, 它适合一个个体多个观测值的情况. 比如猪的产仔数, 一个母猪有多个胎次 比如鸡的产蛋, 不同时间段, 鸡都DMU-单性状动物模型-学习笔记2
单性状动物模型 本次主要是演示如何使用DMU分析单性状动物模型. 数据使用learnasreml包中的数据 learnasreml是我编写的辅助学习asreml的R包, 里面有相关的数据和代码, 这里我们用其中的animalmodel.dat和animalmodel.ped的数据. 如果没有软件包, 首先安装: library(devtools) inDMU-参数介绍-学习笔记1
DMU软件介绍 DMU是一个数量遗传学工具包，主要功能包括估计方差组分和固定效应，预测育种值。DMU的开发历史可以追溯到25年前，大部分功能基于数量遗传学研究的需求而开发。在丹麦动物育种研究中，DMU是一个主要的统计研究工具（估计和预测）。此外，DMU也应用于丹麦牛，羊，貂和马等常规遗传评估研全基因组选择中准确性的影响因素
文章目的: 比较全基因组选择中准确性的影响因素 https://www.researchgate.net/publication/326489349_Prediction_accuracies_of_genomic_selection_in_American_mink_a_simulation_study 主要考虑的因素有: 比较不同方法: BLUP, GBLUP, SSBLUP 不同遗传力: 0.1, 0.2, 0.5 不同关于遗传参数评估的培训通知
asreml介绍 ASReml是拟合线性混合模型的优秀数据分析软件，由NSW Department of Primary Industries的Arthur Gilmour博士开发，可利用灵活的混合线性模型和广义线性模型来处理大规模的数据，实现大数据高效、快速的分析。ASReml可对数量性状、阈值性状、分类性状、SNP标记等多个JWAS: 基于Julia开发的一款基于贝叶斯的GWAS和GS软件
小编寄语 现在动植物遗传评估领域, 还是Fortran的天下, 相信未来Julia可以在全基因组选择领域中占得一席. Julia是一个神奇的语言, 据说是速度非常快, 也非常友好的语言. 它从编译型语言C, C++以及Fortran中借鉴了速度, 从动态语言比如R和Python借鉴了友好. Julia是下一代的数据c语言 4-24 输出金字塔性状
输出金字塔性状。 1、for语句 #include <stdio.h> int main(void) { int i, j, layer; puts("please input the layer"); printf("layer = "); scanf("%d", &layer); for(i = 1; i <= layer; i++) { for(雌性对雄性的选择是相关性状进化的驱动力
【来自本实验室的一篇文章】如果根据雌雄性之间共有的性别特征来选择配偶，那么雌雄对配偶的选择可能是一样的（mutualmate choice）。但是这种共同的选择会在多大程度上驱使表型变化？如果雌雄两性在选择配偶中都倾向于选择相同的表型特征（比如不管男女，都喜欢找智商高的作为配偶），那么这种选混合（Pooling）样本测序研究
目录1.混合测序基础2. 点突变检测3. BSA4. BSR5. 混合样本GWAS分析6. 混合样本驯化研究7. 小结 1.混合测序基础 测序成本虽然下降了，但对于植物育种应用研究来说还是很高，动不动就上百群体，小小植物个体价值又低，测完了很可能后面就用不到了。这时，混合样本测序是一种省钱的好办法。 混PHP 性状
什么是性状？ 性状是在PHP5.4.0引入的新概念，既像类又像接口。 性状是类的部分实现（即常量，属性和方法），可以混入一个或多个现有的PHP类中。 作用： 1. 表明类可以做什么（像是接口） 2. 提供模块化实现（像是类） PHP是一种面向对象语言，使分子设计育种
分子设计育种 通过多种技术的集成与整合, 对育种程序中的诸多因素进行模拟、筛选和优化, 提出最佳的符合育种目标的基因型以及实现目标基因型的亲本选配和后代选择策略, 以提高作物育种中的预见性和育种效率, 实现从传统的“经验育种”到定向、高效的“精确育种”的转化。eQTL | Expression quantitative trait loci | QTL | 数量性状位点 | 表达数量性状基因座
到底什么是eQTL？ eQTL和QTL之间有什么联系？ GTEx数据库里的eQTL数据如何利用？ 一篇通俗的文章：eQTL Expression quantitative trait loci (eQTLs) are genomic loci that explain all or a fraction of variation in expression levels of mRNAs. 基因组位点，解释了基因表达的