本节所采用命令为trac-all,全部内容在这里：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/trac-all

下面是一步步操作：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/Tracula



设置工作目录：
export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/diffusion_recons
cd $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial

## bash
export FREESURFER_HOME=/path/to/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
export TUTORIAL_DATA=<path_to_your_tutorial_data>
export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial
cd $SUBJECTS_DIR

## tcsh
setenv FREESURFER_HOME /path/to/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
setenv TUTORIAL_DATA <path_to_your_tutorial_data>
setenv SUBJECTS_DIR $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial
cd $SUBJECTS_DIR

TRACULA

• Pre-processing

• FSL's bedpostX

• Reconstructing white-matter pathways

 

Pre-processing

• Eddy-current compensation
• Computing measures of head motion during the DWI scan
• Intra-subject registration (individual DWI to individual T1)
• Inter-subject registration (individual T1 to a common template space)

• Creation of cortical and white-matter masks from FreeSurfer reconstructions

• Tensor fitting for extraction of tensor-based measures (FA, MD, etc)
• Computing anatomical priors for white-matter pathways from the TRACULA atlas

trac-all -prep -c $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial/dmrirc.tutorial

-prep就是预处理的命令

-c指定了预处理步骤的配置文件

Ball-and-stick model fit

TRACULA使用球棒扩散模型从DWI数据重建路径。 FSL的bedpostX将球棒模型与DWI数据拟合，从而估计该模型参数在每个体素上的概率分布。 bedpostx只能在具有较高计算能力的计算机上运行，有关bedpostx的更多信息，请单击此处https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FDT/UserGuide#BEDPOSTX。 该命令将对配置文件中指定的所有主题的预处理数据运行bedpostX：

trac-all -bedp -c $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial/dmrirc.tutorial

Reconstructing white-matter pathways

 

最后一步是为您在配置文件中指定的每个白色物质束生成概率分布。 这是通过同时使每个路径的形状与从上方扩散的球棒模型的结果以及由TRACULA地图集中的一组手动标记的训练对象所给出的路径解剖结构的先验知识同时进行来完成的。 以下命令将重建路径的概率分布：

 

trac-all -path -c $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial/dmrirc.tutorial

TRACULA Outputs

查看输出：

https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/TraculaOutputs

 

Tract statistics

统计输出文件：

https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/TraculaStatistics

 

 

 

 

标签：diffusion,trac,SUBJECTS,TUTORIAL,纤维,DATA,白质,tutorial,重建
来源： https://blog.csdn.net/qq_28480795/article/details/116915683