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一个碉堡的GEO和RNA-seq数据在线分析神器,生信so easy

作者:互联网

不是每位小伙伴都有时间精力去学R语言,摸索软件包,代码。

幸运的是,其实早已有大佬们开发出友好的软件,甚至是在线工具,以前我们介绍过Echart(http://www.ehbio.com/ImageGP/),点击查看:自从用了它,导师被我的论文图片美哭,可以帮你在线制作出“热图、火山图、GO、kegg的气泡图、小提琴图”。

今天白介素2再给大家介绍一个神奇的网站,方便无生物信息背景的小伙伴们用以挖掘数据。

哪个网站呢?https://www.networkanalyst.ca/

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咱先看看神器长啥样:

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看了这个界面,咱大概能猜测一下具备哪些功能,分析基因表达数据,Raw RNA-seq数据,多个基因表达数据的Meta分析,那些让不少小伙伴们为难的事,似乎它都能做到。具体的来看操作步骤。

下面还是跟着白介素2同学点击点击再点击来轻轻松松的完成一次数据分析吧。

首先要准备好一份自己的数据(其实就是个表达矩阵的数据),格式如下(第一二行分组按自己需求):

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然后上传,点击submit,稍后几秒钟(亲测),就可以检查质控图:

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甚至PCA图,等等在常规数据分析中可见的质控图形。(不多列出,总之是很美的hh)

接下来再经过标准化,设置阈值,差异表达分析等几个简单的点击,就能得到差异分析的所有结果,甚至是富集分析,GSEA的结果也都净收眼底。以下大概展示下有哪些结果:

可以看到左侧是分析步骤,之前白介素2同学就是这样一步步点下来的,不用动脑哦,咱们来看下有哪些结果:

美死人不偿命的火山图(可直接下载的)

那些年折磨白介素2同学的火山图(可根据自己喜好随意定制,已经很美了),当然啦也是可以直接下载的,反正小编同学已经够喜欢了。实在不喜欢还可以导出结果自己去画。

还有GSEA,功能富集分析情况:



甚至还有超酷的三维PCA图像(供直接下载)

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有同学可能会担心它的权威性,白介素2同学总结一下这个碉堡了的神器是何方神圣:

NetworkAnalyst围绕该工具,是4篇高质量文章的集合体,分别包括2篇Nucleic AcidResearch, 1篇Bioinformatics,以及最近的一篇Nature Protocols。

更重要的是该平台还在不断的更新,最近的一次更新在2018年12月18日,可以称得上是业界良心了。相信看完这些之后,于是咱们可以确认小伙伴们当然可以放心大胆的使用啦。


标签:同学,分析,seq,RNA,小伙伴,点击,so,白介素,数据
来源: https://blog.51cto.com/u_15127646/2778926