TCGA 数据资源

1. cBio数据库 （https://www.cbioportal.org/）

   此数据库信息相对较全，日常可用

 

　　左侧区域是各种癌症组织的研究，数字表示某肿瘤中研究个数。

　　中间是所有研究，可根据左侧栏选择，默认显示全部。小书的图标点开可以下载pubmed文献资源及数据；

　　饼图图标可以看某癌症详细分类、比例等信息，其他信息可随用随查

 

2. Firehose数据库（https://gdac.broadinstitute.org/）

 

 

3. R包RTCGA、RTCGAToolbox

　　R包主要应对网速状况不好，防止下载数据不全的情况发生，可用R下载并分析

　　RTCGA数据版本可能比较老，将就练习

　　RTCGAToolbox的作用就是查询、下载和组织TCGA Firehose的数据，还提供一些简单的数据分析和可视化工具。除此之外，下载好的数据也可以很方便的导入到Bioconductor的其他分析流程中。对于R用户来说，所有的TCGA数据分析工作（从数据下载一直到可视化图表）都可在一个pipeline中完成，能够极大地提高工作效率。

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来源： https://www.cnblogs.com/jcf666/p/14692440.html