galaxy circos(二）imported: Circos: Cancer Genomics & Chromothripsis
作者：互联网
今天来记录galaxy circos给出的第二个例子：Cancer Genomics & Chromothripsis。跟之前一样，先搜索，导入历史。
可以看到，这个范例中一共有20条记录，找到第20条记录Circos Plot，点击重新运行当前任务。
一.Karyotype
看一下5号文件Karyotype：
决定了我们的图最外圈的设计，其中第一和第二列是固定的，第3列是序列的代号，第4列是序列的实际名称（label），第5和第6列是位置，第7列指定颜色。
二.2D Data Track
1.插入的第一张2d图，半径为0.95~0.8，类型是散点图，文件是13号，最小值和最大值分别为-1和1。
插入两条规则，第一条规定点的值在0.15以上的显示为绿色：
第二条规定值在0.15以下的显示为红色：
此处还添加了Axes小板块，设置radius(和track的位置关系)，颜色为黑色，厚度为1，间隔为0.5：
2.第2张2d图也是一张散点图，位置在0.75~0.6，选择第10号文件，值在0~1之间：
10号文件：
设置Axes,因为在更内圈，所以把spacing改小一半:
三.Link Tracks
之前没有涉及到这一板块的应用，这里一起来看一下：
半径为0.55，选择文件12号，link类型为basic，选择黑色，透明度选择不透明，厚度为1，Link的弯曲度也可以设置，在Bezier Radius设为0.3。
Advanced Settings小板块：
crest为波峰，当值为0时，没有影响。
设置link在染色体之间。
插入第2个link,半径为0.35，选择文件12号，选择link类型为basic，颜色为红色，不透明，厚度为2，Bezier Radius为0。
高级设置：
连线类型为染色体内部：
四.General
五.ideogram
设置序列的配色方案，长度单位Mb，间隔0.005，半径0.85，厚度50。
设置标签，半径为0.075，字体大小为64，以及位置：
设置Band：
Ticks和Hightlights板块都没有设置。
点击执行，出图：
标签：Genomics,Chromothripsis,imported,文件,列是,选择,link,设置,半径 来源： https://www.cnblogs.com/YuinginYu/p/14677806.html