其他分享
首页 > 其他分享> > Brenda to Cytoscape (2,v1.0)

Brenda to Cytoscape (2,v1.0)

作者:互联网

Intro

Cytoscape是生信常用的图数据表示软件,网络资料如下:
Cytoscape官网
知乎:最新版Cytoscape安装注意事项
知乎:一网打尽:cytoscape详细教程
本机已经安装了JDK,可以参考Java 开发环境配置

Merge

Youtube上有系列视频:

  1. Quickstart Tutorial - Basic Expression Analysis (08:38)
    • 导入文件
    • Table Panel 操作
    • Control Panel 操作
    • Select(Filter)选项卡:筛选条件
    • 选择图显示label
    • 根据列表项风格化(continuous)
    • 应用layout setting.
    • 选择子图:选中多个节点,扩展一步,生成子图
  2. Hwo to use Cytoscape (1:10:34)
    • 搜索基因从数据库导入数据
    • 选择最大子图
    • 搜索
    • 从文件导入数据
    • Control Panel
    • Tool Panel/Layout Tools > 设置节点的排布方式,Scale,Rotate
    • Layout 设置 > yFile Layouts
    • network analysis > Results Panel
    • Visualize Parameters
      一个区别是似乎没有 Visualize Parameters这个功能了,但是在原表格上加上了许多列,统一在Control Panel设置,更加繁琐和灵活。
    • Filter > Column, Degree, Topology
    • 网络结构分析:degree, clustering coefficient
    • 图性质:Small World, Scale Free, Disassortativity, Hubs,
    • 根据图性质画表的功能仍需要探究一下
    • Batch Analysis
    • Apps 可以在网上下载插件
  3. Cytoscape PPI Network layouts | High quality network Figures for Publication | Bioinformatics
    • 为了进行PPI分析,需要安装STRING软件获取对于其数据库的访问。

Target

  1. 清晰地显示酶的名称,物质的名称以及相互关系(substrate)。
  2. 以degree来设定节点的大小;
  3. 通过degree筛选的方式来筛选出约30-50个重要酶与重要物质,图示他们的连接关系。

Mannual

导入ECIs.txt,导入Enzymes.txt和Chemicals.txt作为Table文件。共有节点694个,边2270个。进行Analyze Network。

全图显示

  1. 风格选择“default”。

  2. 设置对边的Filter,筛选出Substrate subnetwork。共有节点493个,边1099个。

  3. Plot Histogram
    以Degree为X坐标。
    Degree
    比较典型的长尾分布。

  4. 设置node和edge的格式:
    对 node 根据 type(chemical, enzyme)进行Fill Color和Shape的设置:
    Fill Color: Red 和 绿色
    对 node 根据 degree 进行 Height, Width 和 Label Font Size的设置:
    Height/Width:Handle Position: (1,2),(10,20),(96,40)
    Label Font Size: Handle Position:(1,2),(10,5),(96,10)
    调整边的颜色和粗细:
    初步效果图:
    酶-化学物质仙姑作用网络

标签:10,Brenda,degree,Cytoscape,v1.0,导入,节点,Panel
来源: https://blog.csdn.net/qq_37364789/article/details/112509772