GetOrganelle的使用

GitHub原文
首先必须在Linux环境下
安装Anaconda（Ubuntu）
在Ubuntu终端中安装GetOrganelle

conda install -c bioconda getorganelle

下载好数据 （.gz)

wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.1.fq.gz
wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.2.fq.gz

装配

get_organelle_from_reads.py -1 Arabidopsis_simulated.1.fq.gz -2 Arabidopsis_simulated.2.fq.gz -t 1 -o Arabidopsis_simulated.plastome -F embplant_pt -R 10

上述代码随机应变
终端与数据要放在同一个文件夹

装配完后用网页进行fasta的组装

标签：GetOrganelle,fq,gz,reads,Arabidopsis,使用,Test
来源： https://blog.csdn.net/qq_52895972/article/details/111502536