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本周最新文献速递20201220

作者:互联网

本周最新文献速递

一 (这篇文献是读者发给我的,希望我解读一下,交个差)

文献题目: Parallel selection on a dormancy gene during domestication of crops from multiple families

不想看英文题目: 休眠基因在作物驯化过程的平行选择研究

杂志和影响因子: Nat Genet(27.603 1区)

研究意义:

野外环境中,如果所有种子在第一次降雨或温暖的季节后同时发芽,不利于该物种的繁衍、生存。通过延迟发芽或者种子不同步发芽,可避免物种受到一次性大规模伤亡。

但对于驯化的作物来说,种子同步发芽,可确保均匀成熟并方便作物管理,该现象称为种子休眠减弱。种子休眠减弱为驯化综合征的一项重要内容。

迄今为止,尚未报道不同作物休眠基因的平行驯化研究。

结论:

1)全基因组关联研究(GWAS)鉴定了大豆绿皮相关的位点SNP1128991(g.53229579 A> G)和基因Glyma.01G198500;

2)FST、 π 和 XP-CLR 等多种自然选择方法显示大豆绿皮相关位点基因型G所在区域受到选择,揭示其可能与驯化相关;

3)采用同样的方法,结果表明水稻和番茄的G直系同源蛋白也受到选择,表明G直系同源物在多种作物的驯化过程中受到平行选择;

4)通过拟南芥的研究进一步表明G直系同源蛋白控制种子休眠,且功能比较保守;

5)酵母双杂交表明G通过与NCED3、PSY相互作用,调节脱落酸形成,进而影响种子休眠;

文章链接:

DOI: 10.1038/s41588-018-0229-2

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30250128/

公开的资料:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=PRJNA407820

文献题目: Cerebellar nuclei evolved by repeatedly duplicating a conserved cell-type set

不想看英文题目: 小脑核通过重复复制保守的细胞类型集而进化

杂志和影响因子: Science(41.845 1区)

研究意义: 大脑由简单到复杂,是如何进化而来?

结论:

1)对小鼠、鸡和人的小脑核进行单核RNA测序(snRNAseq),STARmap空间转录组分析等,小鼠的snRNAseq发现了3种抑制性细胞类型和15种兴奋性细胞类型,兴奋性细胞按照基因表达和电生理特性可分为两大类;

2)小鼠STARmap分析表明小脑核由亚核组成,每个亚核包含3个抑制性和2个兴奋性细胞类型;

3)鸡小脑核的snRNAseq和STARmap分析,进一步证实亚核是小脑核的进化单位,通过复制的方式形成新的脑区域;

4)人类的小脑核snRNAseq分析显示小脑核的内侧和中间保持原始小脑核的组成,较为古老。外侧则比较年轻,主要为兴奋性神经元,可能与认知等有关;

文章链接:

DOI: 10.1126/science.abd5059

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33335034/

三 数据库介绍

文献题目: Systematic evaluation of the effects of genetic variants on PIWI-interacting RNA expression across 33 cancer types

不想看英文题目: 系统评估33种癌症类型中遗传变异对PIWI相互作用RNA表达的影响

杂志和影响因子: Nucleic Acids Res(11.501 1区 )

研究意义: PIWI相互作用RNA(piRNA)是RNA干扰家族成员,与mRNA沉默或者降解有关,在体细胞和癌组织中起着重要作用,目前还没有数据库提供SNP和piRNA之间的eQTL分析。

结论:

1)从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库收集了33种癌症、10 997个样本。

2)数据类型包括基因型和piRNA表达数据。

3)使用线性回归在肿瘤组织(76 924 831)和正常组织(24 431 061)中鉴定了数百万对SNP-piRNA。

4)结合差异表达、生存分析、全基因组关联研究(GWAS),全面解读鉴定的cis-piRNA eQTL的功能。

数据库网址:

piRNA-eQTL(http://njmu-edu.cn:3838/piRNA-eQTL/)

文章链接:

DOI: 10.1093/nar/gkaa1190

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33330918/


标签:题目,RNA,piRNA,速递,驯化,种子休眠,文献,20201220,小脑
来源: https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/14167081.html