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Ka/ Ks|同义替换的三种路径|kaks_Calculator|

作者:互联网

生命组学

研究old gene 和 young gene

CAI选择信号;CGmutation信号

Neutrality plot:CG3与GC1、GC2的关系:平:mutation;正相关:selection signal

Ks Ka

Ka/ Ks代表选择压力,Core gene Ka/ Ks比较小,即纯化选择(负选择)。

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热力学第二定律

利用二进制表示密码表,core gene的随机性更强(热二就是能量越强熵越大)

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Gene gain&loss&duplication time

鉴定essential gene,通过敲除的方式

positive selection:Old >young

In Young gene: single >duplication

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Gene age 与 signatures

使用PCA,发现GC最能解释其变异。

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同义替换的三种路径

找替换的方法:1.近似方法2.最大似然方法,

对同义位点的定义:图

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Model selection考虑参数:

AIC

BIC

LRT:似然比检验

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Software kaks_Calculator

Dating the divergence time

 

标签:Ka,selection,Calculator,young,同义,Ks,gene
来源: https://www.cnblogs.com/yuanjingnan/p/12032145.html