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使用wtdbg利用三代数据进行基因组de novo组装

作者:互联网

相较于其他三代四代数据组装软件(Canu,smartdenovo,miniasm,Flye,TULIP,FALCON,FALCON-unzip等)

wtdbg有如下优点

 

安装运行简单,运行速度快,

运行步骤:一步组装,两轮纠错

“--edge-min”值对基因大小影响特别大,在基因组复杂度低和测序深度大的情况下可提高该值,可降低运行内存和运行时间。(仅进行第一轮组装) [1]

 

wtdbg2软件使用[2]:

 

进行基因组装
$ wtdbg2 -t 16 -i reads.fa.gz -fo prefix -L 5000

得到一致性序列
$ wtpoa-cns -t 16 -i prefix.ctg.lay -fo prefix.ctg.lay.fa

利用三代reads的比对结果对基因组序列进行打磨修正
$ minimap2 -t 16 -x map-pb -a prefix.ctg.lay.fa reads.fa.gz | samtools view -Sb - >prefix.ctg.lay.map.bam
$ samtools sort prefix.ctg.lay.map.bam prefix.ctg.lay.map.srt
$ samtools view prefix.ctg.lay.map.srt.bam | ./wtpoa-cns -t 16 -d prefix.ctg.lay.fa -i - -fo prefix.ctg.lay.2nd.fa



其他三代组装软件总结:
https://www.cnblogs.com/djx571/p/10223742.html

 

 

 

 

参考资料:

[1] https://www.jianshu.com/p/193f2cdd4407

[2] http://www.chenlianfu.com/?p=2647

标签:novo,map,组装,de,fa,prefix,ctg,lay,wtdbg
来源: https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/11696654.html