使用wtdbg利用三代数据进行基因组de novo组装

相较于其他三代四代数据组装软件（Canu，smartdenovo，miniasm，Flye，TULIP，FALCON，FALCON-unzip等）

wtdbg有如下优点：

安装运行简单，运行速度快,

运行步骤：一步组装，两轮纠错

“--edge-min”值对基因大小影响特别大，在基因组复杂度低和测序深度大的情况下可提高该值，可降低运行内存和运行时间。（仅进行第一轮组装） [1]

wtdbg2软件使用[2]：

进行基因组装
$ wtdbg2 -t 16 -i reads.fa.gz -fo prefix -L 5000

得到一致性序列
$ wtpoa-cns -t 16 -i prefix.ctg.lay -fo prefix.ctg.lay.fa

利用三代reads的比对结果对基因组序列进行打磨修正
$ minimap2 -t 16 -x map-pb -a prefix.ctg.lay.fa reads.fa.gz | samtools view -Sb - >prefix.ctg.lay.map.bam
$ samtools sort prefix.ctg.lay.map.bam prefix.ctg.lay.map.srt
$ samtools view prefix.ctg.lay.map.srt.bam | ./wtpoa-cns -t 16 -d prefix.ctg.lay.fa -i - -fo prefix.ctg.lay.2nd.fa



其他三代组装软件总结：
https://www.cnblogs.com/djx571/p/10223742.html

参考资料：

[1] https://www.jianshu.com/p/193f2cdd4407

[2] http://www.chenlianfu.com/?p=2647

标签：novo,map,组装,de,fa,prefix,ctg,lay,wtdbg
来源： https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/11696654.html