对初步组装进行polish
以FASTA和BAM文件作为输入，根据比对结果对输入的参考基因组进行提高，包括
- 单碱基差异
- 小的插入缺失(indels)
- 较大的插入缺失或者block替换
- 填充参考序列中的N
- 找到局部的错误组装
最后输出polish后的FASTA文件
参考来源：
https://www.jianshu.com/p/cceeb7d1f413
标签：Pilon,参考,组装,基因组,polish,FASTA,缺失
来源： https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/11571497.html