在Bash命令行中对文件运行R函数

参见英文答案 > How can I read command line parameters from an R script?                                    10个
我试图迭代我在R(strandcode.txt)中编写的函数在给定目录中的所有文件.

strandcode.txt如下所示,它是计算Chi Squared测试的简单函数.

strand <- function(file){
data <- as.data.frame(read.table(file))
colnames(data) <- c('chr', 'pos', 'fwd', 'bkwd')
data$chi <- ((.5 - (data$fwd / (data$fwd + data$bkwd)))^2)/.5
keep <- data[data$chi < .823, ]
return(keep)
}

strand{$i}

当我在我的Linux服务器上运行它时,我正在使用Rscript并通过以下命令迭代目录中的所有文件.

for i in $( ls ); do Rscript strandcode.txt >> strandout.txt; done

但是这给了我错误
    错误：“strand {”中意外的'{‘
    执行停止

我也尝试了以下命令行(从strandcode.txt中取出最后一行)

for i in $( ls ); do Rscript strandcode.txt; Rscript strand{$i} >>     strandout.txt; done
for i in $( ls ); do Rscript strandcode.txt strand{$i} >> strandout.txt; done

两者都运行没有错误,没有输出任何东西到我的outfile.

任何建议将不胜感激.谢谢！

解决方法:

您必须使用仅匹配数据文件的模式,而不是扩展到目录中每个文件的$(ls),包括strandcode.txt.假设您已将所有数据文件移动到名为data /的子目录中,您可以这样做

for i in data/*; do Rscript -e "source('strandcode.txt'); print(strand('$i'))" >> strandout.txt; done

从strandcode.txt中删除最后一行后,如注释中所述,这是不正确的.只要文件名不包含单引号或其他有问题的字符,这应该有效.

标签：bash,linux,command-line,r,rscript
来源： https://codeday.me/bug/20190628/1311120.html