QIIME2使用方法

激活qiime2的执行环境：source activate qiime2-2019.4
如何查看conda已有的环境：conda info -e

以下分析流程参考：https://docs.qiime2.org/2019.4/tutorials/qiime2-for-experienced-microbiome-researchers/ 

1、数据准备

现在我们常用的就是这种格式的数据，每个样品一对数据文件

wget \
  -O "casava-18-paired-end-demultiplexed.zip" \
  "https://data.qiime2.org/2019.4/tutorials/importing/casava-18-paired-end-demultiplexed.zip"

下载解压后，文件夹中文件如下：

 

2、将数据转换为qza格式（qiime新定义的自己的格式类型，有点编程中对象的含义）

qiime tools import \
  --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \
  --input-path casava-18-paired-end-demultiplexed \
  --input-format CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt \
  --output-path demux-paired-end.qza

3、查看数据质量
qiime demux summarize --i-data demux-paired-end.qza --o-visualization demux-summary-1.qzv
用以下命令查看结果：
qiime tools view demux-summary-1.qzv

4、双端序列合并成单端

qiime dada2 denoise-paired --p-trim-left-f 9 --p-trim-left-r 9 --p-trunc-len-f 10 --p-trunc-len-r 10 --i-demultiplexed-seqs demux-paired-end.qza --o-representative-sequences demux-paired-end-denoise.qza --o-table table-1.qza --o-denoising-stats stats-1.qza

 

4、对数据进行剪切

qiime dada2 denoise-paired --p-trim-left-f 9 --p-trim-left-r 9 --p-trunc-len-f 10 --p-trunc-len-r 10 --i-demultiplexed-seqs demux-paired-end.qza --o-representative-sequences demux-paired-end-denoise.qza --o-table table-1.qza --o-denoising-stats stats-1.qza

 

https://forum.qiime2.org/t/demultiplexing-and-trimming-adapters-from-reads-with-q2-cutadapt/2313

标签：end,qiime,qiime2,paired,QIIME2,使用,demux,qza,方法
来源： https://www.cnblogs.com/afeiyuanda/p/11037287.html