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单细胞跨平台数据互通 | CSV | loom | seurat | scater | scanpy | monocle

作者:互联网

 

理解单细胞数据的本质,一个matrix,以及行与列的annotation。

 

一个最不友好的格式就是loom,只能用python来读取,存储为CSV。

其次就是scanpy的adata,也需要特殊的python来导出到R。

 

project/scPipeline/public/Linnarsson_2020_developing_mouse_brain/getData_from_loom.ipynb

 

 

 

待续~

 

标签:monocle,loom,python,跨平台,scanpy,单细胞,CSV
来源: https://www.cnblogs.com/leezx/p/16519330.html