方法学文献

综述

• 全基因组关联研究
• 全基因组关联研究的优点和局限性
• 多基因疾病性状的遗传相关性：从理论到实践
• 使用汇总关联统计分析复杂性状的遗传学
• 大规模遗传研究中的统计功效和显着性检验
• 通过统计精细映射从全基因组关联到候选因果变异
• 用于全基因组关联研究及其他方面的元分析方法
• 神经精神疾病GWAS数据挖掘综述：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006322320316280
• COLOC和MR的关系

Finemapping

• Finemap
• PAINTOR
• SOJO
• PolyFun

SNP-to-GENE

• COLOC
• COLOC
• Hyprcoloc
• moloc
• gwas-pw
• eCAVIAR
• Fastenloc
• TWAS
• PrediXcan
• MetaXcan
• FUSION
• sCCA-ACAT
• UTMOST
• MR-JTI
• SMR
• FOCUS
• GENE_BASED
• MAGMA
• E-MAGMA
• H-MAGMA
• N-MAGMA
• GCTA
• PASCAL

多性状分析

• MTAG
• MTAR
• PLACO
• PLEIO
• conFDR
• PolarMorphism
• bGWAS
• multivariate_GWAMA

遗传相关

• 全局遗传相关
• LDSC
• HDL
• LDAK
• LD-HUB
• 区域遗传相关
• LOGODetect
• HESS
• SUPERGNOVA
• GNOVA
• LAVA

遗传重叠

• MIXER
• GPA
• GGPA
• 效应一致性：SECA
• 遗传差异：CCGWAS

因果推断

• TwoSampleMR
• lhcMR
• CAUSE
• LCV
• GenomicSEM

多基因风险

• Review:Large uncertainty in individual polygenic risk score estimation impacts PRS-based risk stratification
• PolyFun
• RPS 教程
• PRSice-2

标签：性状,遗传,基因组,关联,MAGMA,COLOC,文献,方法学
来源： https://www.cnblogs.com/gwm-2019/p/16477863.html