使用命令gffread -w test.fa -g GRCh38.primary_assembly.genome.fa test.gff3
即可实现。
输入文件test.gff3
如下所示:
![](https://www.icode9.com/i/l/?n=22&i=blog/812148/202207/812148-20220704114031942-1165087903.png)
记住:第三类可以写:transcript, protein, cds。不能写其他的字符,不然提取不了。
得到的输出文件test.fa
如下所示:
![](https://www.icode9.com/i/l/?n=22&i=blog/812148/202207/812148-20220704121316311-434997625.png)
标签:提取,gffread,gff3,基因组,fa,所示,test
来源: https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/16442529.html