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gffread: 从基因组提取fa

作者:互联网

使用命令gffread -w test.fa -g GRCh38.primary_assembly.genome.fa test.gff3即可实现。

输入文件test.gff3如下所示:

记住:第三类可以写:transcript, protein, cds。不能写其他的字符,不然提取不了。

得到的输出文件test.fa如下所示:

标签:提取,gffread,gff3,基因组,fa,所示,test
来源: https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/16442529.html