3.测序SRA数据下载

一、官方下载工具Sratoolkit安装

　　推荐使用conda直接安装，避免配置环境的麻烦，但sratoolkit在conda镜像中的包名为sra-tools

1 conda -y -c bioconda sra-tools

 

二、SRA文件下载地址获取

 

1.NCBI GEO数据库下载地址

1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

 

 

2.输入GEO Accession（如GSE52778），点击搜索，找到测序SRA文件

 

 

 

 

 

 

3. 下载Accession List：一个txt文件包含所有的测序样本名称，均对应于上图左下角的Run

 

 

三、数据下载

　　使用sratoolkit提供的prefetch工具下载，官方文档中说明prefetch能直接根据txt文件下载，但不晓得哪边出毛病报错了，自己编写循环下载，脚本如下：

 

 1 #!/bin/bash
 2 
 3 #id.txt即为下载的Accession List
 4 
 5 for i in $(cat id.txt)
 6 do
 7     echo "正在下载文件".$i
 8     prefetch $i
 9 done
10 echo "文件下载完毕！！"
11 
12 #提取下载的文件夹中的.sra文件并删除源文件夹
13 
14 pwd=$(pwd)
15 for i in $(ls)
16 do
17     new_pwd="$pwd/$i"
18     if [ -d $new_pwd ];then
19         mv $new_pwd/* $pwd
20         rm -rf $new_pwd
21     fi
22 done

 

标签：文件,SRA,测序,pwd,new,txt,下载
来源： https://www.cnblogs.com/sqsgoodluck/p/15910415.html