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• PvacseqD的使用

PvacseqD的使用

前面下载好了示例数据之后，开始准备对数据进行分析。
command如下：

pvacseq run \
<example_data_dir>/input.vcf \
Test \
HLA-A*02:01,HLA-B*35:01,DRB1*11:01 \
MHCflurry MHCnuggetsI MHCnuggetsII NNalign NetMHC PickPocket SMM SMMPMBEC SMMalign \
<output_dir> \
-e 8,9,10

需要注意的是：”"为换行符，并且“< >”表示引用路径。可以直接根据自己的数据存放路径进行修改。
修改后command如下：

pvacseq run \
/home/gml/work/test/pvacseq_example_data/input.vcf \
Test \
HLA-A*02:01,HLA-B*35:01,DRB1*11:01 \
MHCflurry MHCnuggetsI MHCnuggetsII NNalign NetMHC PickPocket SMM SMMPMBEC SMMalign \
/home/gml/work/test/result \
-e 8,9,10

然后执行命令，执行之后会得到结果文件。以下是运行成功之后的部分截图：

标签：pvacseq,01,gml,PickPocket,NetMHC,使用,HLA
来源： https://blog.csdn.net/bio_meimei/article/details/88248977