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单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示

作者:互联网

本次演示使用的数据来自2017年发表于Cell的头颈鳞癌单细胞文章:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer。本次演示提供处理好的测试数据,以及所有代码,一共6个脚本(我目前写得最详细的教程,也是全网少有的)。

数据的预处理就不演示了,预处理的代码存放在0.pre.R文件中。
以下是肿瘤细胞tsne图和原图的对比,和原文一致,说明前面的数据提取及处理是没有问题的。

最终的效果图如下:

在准备好数据之后,就可以开始NMF分析了

请移步公众号阅读~
因水平有限,有错误的地方,欢迎批评指正!

标签:Cell,演示,17,非负,代码,NMF,数据,预处理
来源: https://www.cnblogs.com/TOP-Bio/p/15049837.html