在线作图丨做一张叠加mantel test的相关性热图

下边这张图摘自2015年的Science（暂且叫他Mantel test和相关性热图的组合图吧），这张图在各大论坛都有R语言的教程，今天小编教大家如何不使用R语言，分分钟在线做出这样的高水平图片。参考文献：Structure and function of the global ocean microbiome (Fig. 5B).

Q1：什么是Mantel test？
Mantel test分析对两个矩阵相关关系进行检验。)可以Mantel test 多用在生态学上，用来检验群落距离矩阵(如 Bray-Curtis distance matrix)和环境变量距离矩阵(如 pH, 温度 或者地理位置的差异矩阵)之间的相关性(Spearman 系数。Mantel test的相关性系数越大，p值越小，则说明环境因子对微生物群落的影响越大。同时，mantel test的偏分析(partial Mantel test等)可排除环境因子之间自相关的干扰。

Q2：如何在线做一个Mantel test和热图的组合图？
作图小网站——云图图（www.cloudtutu.com），操作步骤如下：
①登录网址：www.cloudtutu.com（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了），输入验证码后即可登录；
③登录后在工具一栏（高级分析）里找到Mantel test分析，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作，即可在2分钟内获得一张精美的普氏分析图喽~

Step 1 上传文件

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。
平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别。
本分析需要上传两个文件，文件格式比较复杂，请各位客官耐心调整。（如有疑问，请添加文末小编微信咨询）

1.1 数据文件整理：将多个数据矩阵合并为一个数据矩阵，使得第一列为样品名称，第一行为元素名称，如：微生物OTU表+基因表达量矩阵+抗生素抗性基因丰度，操作流程如下：

注意：※需要对数据文件中数据进行分组，每个分组对应图中热图外的一个元素，可以在绘图区的下方对分组信息进行在线编辑，也可点击“输入分组”手动粘贴分组信息，如图：第一列为因子名称，第二列为因子分类，如下图。

1.2 环境因子文件：
a) 与组内相关性热图数据矩阵相似，数据形式参照示例数据或者下图，环境因子文件上传后系统根据样品名自动进行分组。

b）表格需要带表头和列名，每一列为样本名，每一行为各种指标数据名，例如OTU，基因ID、身高、代谢物名称等。
c）请提交.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后上传该文件。

Step 2 设置参数

2.1 热图颜色：用来调整相关性热图的配色；
2.2 相关性线颜色：用来调整相关性连线的颜色；
2.3 填充形状
a)圆形：圆形面积大小代表相关性大小；
b)椭圆：椭圆面积大小代表相关性大小，椭圆的不同方向表示正相关或负相关；
c)矩形：矩形面积大小代表相关性大小
d)星形：星形的大小代表相关的高低

Step 3 下载文件
根据个人需求进行参数调整后点击运行，平台提供PDF格式的矢量图下载，以下是小编自行绘制的几个图，是不是还不错~

Step 4 作图后处理
TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图，可通过矢量图处理软件（Inkscape或AI）进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加微信获取。

Step 5 写作建议
Pairwise comparisons of environmental factors are shown, with a color gradient denoting Spearman’s correlation coefficients. Taxonomic [based on two independent methods: mitags (12) and mOTUs (13)] and functional (based on biochemical KEGG modules) community composition was related to each environmental factor by partial (geographic distance– corrected) Mantel tests. Edge width corresponds to the Mantel’s r statistic for the corresponding distance correlations, and edge color denotes the statistical significance based on 9,999 permutations. (参考文献：Structure and function of the global ocean microbiome, DOI:10.1126/science.1261359)

标签：文件,mantel,矩阵,相关性,test,热图,Mantel
来源： https://blog.csdn.net/weifanbio/article/details/118572317