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单细胞测序 umi

作者:互联网


为了减少由于扩增引起的误差,人们在一些单细胞测序的步骤中增加了 UMI(unique molecular identifiers),UMIs 是由 4-10 个随机核苷酸组成的序列,在 mRNA 反转录后,进入到文库中,每一个 mRNA,随机连上一个 UMI,因此可以计数不同的 UMI,最终计数 mRNA 的数量。

10X genomics单细胞测序通过Barcode来标记细胞,UMI 来标记转录本,这样与参考基因比对后就可以定量细胞以及基因的数量。
Cell Ranger进一步将外显子reads与参考转录本比对,寻找兼容性。注释到单个基因信息的reads认为是一个特异的转录本,只有注释到转录本的reads才用于UMI计数。

 


在逆转录的过程中,有些方案利用独特分子标识符(UMI)对单分子进行标记,这些是随机的六核苷酸,可以更精确地定量单细胞中mRNA分子的初始量。之后,通过体外转录或PCR扩增cDNA,然后将扩增好的cDNA文库用于文库制备和高通量测序。

UMIs

另一种标准化方法是使用 Unique Molecular Identifiers (UMIs)(Kivioja et al. 2012). UMIs是一种随机条形码(barcode)序列,长度在4-20 bp之间。 在扩增步骤之前(通常在反转录期间),UMIs被添加在每个转录本cDNA的3’或5’端。之后,对转录本末端进行靶向测序。这些barcodes使得在扩增步骤之前,可以对转录本进行定量。虽然UMIs消除扩增偏好性的效果非常好,但是不合适用于研究基因异构体和allel特异表达。

barcode : 每一个单细胞的cDNA文库,就带上了独一无二的barcode了,barcode是用来区分细胞的,跟umi不同
umi:(Unique Molecular Identifiers)是短序列,用于唯一标记样品库中的每个分子。UMI被广泛用于测序应用,大多关于DNA和cDNA的PCR重复。UMI去重复还可用于RNA-seq基因表达分析和其他定量测序方法。简而言之:UMI是唯一可识别的短序列,作为umi是唯一的,所以我们可以知道在PCR扩增的过程中哪些是由同一条DNA扩增出来的。


https://blog.csdn.net/weixin_46021869/article/details/115733190
https://www.sohu.com/a/122201336_390793

https://www.jianshu.com/p/f0f6ae624c00
https://www.plob.org/article/11101.html

标签:扩增,umi,UMIs,测序,转录,单细胞,UMI,cDNA
来源: https://www.cnblogs.com/emanlee/p/14933354.html