linux – 在该文件中的模式之前写入文件名

我有成千上万个类似的文件,我想在它们内部的模式之后写出各自的名字.例如：

**文件1的名称是nexus0000

在文件里面有：

>Pseudomonas_1M
ATGATCCGCTTCGAGCAGGTCGGCAAACGCTATC
>Pseudomonas_2M
GTGAGCTTCGAGCAGGTCGGCGAGCCGCTATC

我想得到这个：

nexus0000>Pseudomonas_1M
ATGATCCGCTTCGAGCAGGTCGGCAAACGCTATC
nexus0000>Pseudomonas_2M
GTGAGCTTCGAGCAGGTCGGCGAGCCGCTATC

**文件2的名称是nexus0001

在文件里面有：

>Pseudomonas_1M
ATGATCCGCTTCGAGCAGGTCGGCAAACGCTATC
>Pseudomonas_2M
GTGAGCTTCGAGCAGGTCGGCGAGCCGCTATC

我想得到这个：

nexus0001>Pseudomonas_1M
ATGATCCGCTTCGAGCAGGTCGGCAAACGCTATC
nexus0001>Pseudomonas_2M
GTGAGCTTCGAGCAGGTCGGCGAGCCGCTATC

等等

到目前为止,我只是设法在第一行中使用以下命令编写文件的名称：

for file in nexus*; do echo "$file"$"$(cat -- "$file")" > "$file"; done

谢谢您的帮助！

解决方法:

sed解决方案：

for f in nexus*; do sed -i "s/^>/$f&/" "$f"; done

或者使用gawk及其inplace扩展(自4.1.0版起可用)：

for f in nexus*; do awk -i inplace '/^>/{ $0=FILENAME$0 }1' "$f"; done

标签：bash,linux,bioinformatics
来源： https://codeday.me/bug/20190814/1658200.html