java-生物信息学-需要获取ATOMS序列

我在BioJava中搜索一种方法,以从PDB文件中获取Atom序列.
我看了BioJava API,但对于getAtomSequence(),它捕获了氨基酸.
我在BioJava中尝试了其他几种方法,但没有任何效果.

有人可以帮我吗？

谢谢

解决方法:

我解决了…
有兴趣的解决方案：

try{

        PDBFileReader read=new PDBFileReader();
        Structure pdb=read.getStructure(filename);
        System.out.println("PDB code :"+pdb.getPDBCode());

        List chains=Collections.synchronizedList(new ArrayList());
        chains=pdb.getChains();

        for(Iterator iter=chains.iterator();iter.hasNext();){
        Chain c=(Chain)(iter.next());
        System.out.println("Chain :"+c.getName()+"\n"+"Seq aa :"+c.getAtomSequence());
        for(int j=0;j<c.getAtomLength();j++){
            for (int k=0; k < c.getAtomGroup(j).size(); k++ ){
            Atom a=c.getAtomGroup(j).getAtom(k);
            System.out.println("Name : "+a.getName()+" X : "+a.getX()+" Y : "+a.getY()+" Z : "+a.getZ());
            }
        }

标签：bioinformatics,java,biojava
来源： https://codeday.me/bug/20191208/2093985.html