python-来自图的微笑

是否存在将图(或邻接矩阵)转换为SMILES字符串的方法或程序包？

例如,我知道原子为[6 6 7 6 6 6 6 8 8]([C C N C C C C O]),并且邻接矩阵为

[[ 0.,  1.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],

 [ 1.,  0.,  2.,  0.,  0.,  0.,  0.,  1.],

 [ 0.,  2.,  0.,  1.,  0.,  0.,  0.,  0.],

 [ 0.,  0.,  1.,  0.,  1.,  0.,  0.,  0.],

 [ 0.,  0.,  0.,  1.,  0.,  1.,  0.,  0.],

 [ 0.,  0.,  0.,  0.,  1.,  0.,  1.,  1.],

 [ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  1.,  0.,  0.],

 [ 0.,  1.,  0.,  0.,  0.,  1.,  0.,  0.]]

我需要一些函数来输出“ CC1 = NCCC(C)O1”.

如果某些功能可以输出相应的“ mol”对象,它也可以工作. RDkit软件具有“ MolFromSmiles”功能.我想知道是否有类似“ MolFromGraphs”的内容.

先感谢您.

解决方法:

据我所知,这是一个简单的解决方案,RDKit中没有内置函数.

def MolFromGraphs(node_list, adjacency_matrix):

    # create empty editable mol object
    mol = Chem.RWMol()

    # add atoms to mol and keep track of index
    node_to_idx = {}
    for i in range(len(node_list)):
        a = Chem.Atom(node_list[i])
        molIdx = mol.AddAtom(a)
        node_to_idx[i] = molIdx

    # add bonds between adjacent atoms
    for ix, row in enumerate(adjacency_matrix):
        for iy, bond in enumerate(row):

            # only traverse half the matrix
            if iy <= ix:
                continue

            # add relevant bond type (there are many more of these)
            if bond == 0:
                continue
            elif bond == 1:
                bond_type = Chem.rdchem.BondType.SINGLE
                mol.AddBond(node_to_idx[ix], node_to_idx[iy], bond_type)
            elif bond == 2:
                bond_type = Chem.rdchem.BondType.DOUBLE
                mol.AddBond(node_to_idx[ix], node_to_idx[iy], bond_type)

    # Convert RWMol to Mol object
    mol = mol.GetMol()            

    return mol
Chem.MolToSmiles(MolFromGraphs(nodes, a))

出：
‘CC1 = NCCC(C)O1’

此解决方案是https://github.com/dakoner/keras-molecules/blob/dbbb790e74e406faa70b13e8be8104d9e938eba2/convert_rdkit_to_networkx.py的简化版本

可能需要设置许多其他原子属性(例如手性或质子化状态)和键类型(三重,导数…).如果可能的话,最好在图形中明确地跟踪它们(如上面的链接所示),但是如果需要的话,也可以扩展此功能以合并它们.

标签：bioinformatics,molecule,cheminformatics,python,rdkit
来源： https://codeday.me/bug/20191108/2010084.html