python-使用pyparsing解析嵌套结构

我正在尝试解析生物序列中位置的特定语法.这些职位可以采用以下形式：

12           -- a simple position in the sequence
12+34        -- a complex position as a base (12) and offset(+34)
12_56        -- a range, from 12 to 56
12+34_56-78  -- a range as a start to end, where either or both may be simple or complex

我想将这些解析为字典,大致像这样：

12          -> { 'start': { 'base': 12, 'offset': 0 },  'end': None }
12+34       -> { 'start': { 'base': 12, 'offset': 34 }, 'end': None }
12_56       -> { 'start': { 'base': 12, 'offset': 0 },
                   'end': { 'base': 56, 'offset': 0 } }
12+34_56-78 -> { 'start': { 'base': 12, 'offset': 0 }, 
                   'end': { 'base': 56, 'offset': -78 } }

我使用pyparsing进行了几次刺刺.这是一个：

from pyparsing import *
integer = Word(nums)
signed_integer = Word('+-', nums)
underscore = Suppress('_')
position = integer.setResultsName('base') + Or(signed_integer,Empty).setResultsName('offset')
interval = position.setResultsName('start') + Or(underscore + position,Empty).setResultsName('end')

结果接近我想要的：

In [20]: hgvspyparsing.interval.parseString('12-34_56+78').asDict()
Out[20]: 
{'base': '56',
'end': (['56', '+78'], {'base': [('56', 0)], 'offset': [((['+78'], {}), 1)]}),
'offset': (['+78'], {}),
'start': (['12', '-34'], {'base': [('12', 0)], 'offset': [((['-34'], {}), 1)]})}

两个问题：

> asDict()仅适用于根parseResult.有没有办法哄骗pyparsing返回嵌套的dict(仅此)？
>如何获得范围末端和位置偏移的可选项？排名规则中的Or()不会削减它. (对于范围的结束,我也进行了类似的尝试.)理想情况下,我会将所有职位视为最复杂形式的特殊情况(即{开始：{base,end},end：{base,end}}),较简单的情况使用0或无.)

谢谢！

解决方法:

一些常规的pyparsing技巧：

Or(expr,empty)最好写成Optional(expr).另外,您的Or表达式试图使用类Empty创建一个Or,您可能打算为第二个参数编写Empty()或empty.

expr.setResultsName(“ name”)现在可以写成expr(“ name”)

如果要对结果应用结构,请使用“组”.

使用dump()而不是asDict()可以更好地查看解析结果的结构.

这是我如何建立您的表达方式：

from pyparsing import Word, nums, oneOf, Combine, Group, Optional

integer = Word(nums)

sign = oneOf("+ -")
signedInteger = Combine(sign + integer)

integerExpr = Group(integer("base") + Optional(signedInteger, default="0")("offset"))

integerRange = integerExpr("start") + Optional('_' + integerExpr("end"))


tests = """\
12
12+34
12_56
12+34_56-78""".splitlines()

for t in tests:
    result = integerRange.parseString(t)
    print t
    print result.dump()
    print result.asDict()
    print result.start.base, result.start.offset
    if result.end:
        print result.end.base, result.end.offset
    print

印刷品：

12
[['12', '0']]
- start: ['12', '0']
  - base: 12
  - offset: 0
{'start': (['12', '0'], {'base': [('12', 0)], 'offset': [('0', 1)]})}
12 0

12+34
[['12', '+34']]
- start: ['12', '+34']
  - base: 12
  - offset: +34
{'start': (['12', '+34'], {'base': [('12', 0)], 'offset': [('+34', 1)]})}
12 +34

12_56
[['12', '0'], '_', ['56', '0']]
- end: ['56', '0']
  - base: 56
  - offset: 0
- start: ['12', '0']
  - base: 12
  - offset: 0
{'start': (['12', '0'], {'base': [('12', 0)], 'offset': [('0', 1)]}), 'end': (['56', '0'], {'base': [('56', 0)], 'offset': [('0', 1)]})}
12 0
56 0

12+34_56-78
[['12', '+34'], '_', ['56', '-78']]
- end: ['56', '-78']
  - base: 56
  - offset: -78
- start: ['12', '+34']
  - base: 12
  - offset: +34
{'start': (['12', '+34'], {'base': [('12', 0)], 'offset': [('+34', 1)]}), 'end': (['56', '-78'], {'base': [('56', 0)], 'offset': [('-78', 1)]})}
12 +34
56 -78

标签：pyparsing,grammar,python
来源： https://codeday.me/bug/20191030/1967020.html