python-通过h5py在hdf5中进行blosc压缩

我正在使用h5py在python中创建hdf5文件,并且我想使用blosc作为压缩过滤器.我首先通过以下方式从源代码安装了c-blosc：

wget https://github.com/Blosc/c-blosc/archive/v1.9.1.tar.gz
tar -xvf c-blosc-v1.9.1.tar.gz
cd c-blosc-v1.9.1
mkdir build
cd build
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local ..
cmake --build .
cmake --build . --target install

(请注意,否则我将使用自制软件,因此我的/usr/local无需sudo即可写)

然后,我通过以下方式从源代码安装了hdf5 v1.10.0：

wget http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.10/hdf5-1.10.0/src/hdf5-1.10.0.tar.gz
tar -xvf hdf5-1.10.0.tar.gz
cd hdf5-1.10.0
./configure --enable-static=yes --enable-shared=yes --prefix=/usr/local/hdf5
make && make install

最后,我通过以下方式从源代码安装了h5py v2.6.0：

wget https://github.com/h5py/h5py/archive/2.6.0.tar.gz
tar -xvf h5py-2.6.0.tar.gz
cd h5py-2.6.0
python setup.py install
python setup.py install

但是,当我启动一个python解释器并运行时：

import h5py
f = h5py.File('myFile.hdf5','w')
dset = f.create_dataset("myData", (100, 100), compression=32001) 
#32001 is blosc, see: https://www.hdfgroup.org/services/filters.html

我收到错误“ ValueError：未知的压缩过滤器编号：32001”.我在安装流中错过了什么？

解决方法:

我发现最简单的方法是安装pytables并在python脚本开始时加载它.之后,您根本不需要使用pytables,但是加载它显然会调用注册blosc过滤器的东西.

标签：hdf5,h5py,python
来源： https://codeday.me/bug/20191027/1941043.html