python – 在单个文件上使用多个genfromtxt

我是Python的新手,我目前在处理输入文件读取时遇到问题.基本上我希望我的代码采用输入文件,其中相关信息包含在4行的块中.出于我的特定目的,我只关心每个区块1-3行的信息.

我正在处理的输入的两个块示例,如下所示：

#Header line 1
#Header line 2
'Mn 1',       5130.0059,  -2.765,  5.4052,  2.5,  7.8214,  1.5, 1.310, 2.390, 0.500, 8.530,-5.360,-7.630,
'  LS                                                                       3d6.(5D).4p z6F*'
'  LS                                                                       3d6.(5D).4d e6F'
'K07           A   Kurucz MnI 2007    1 K07       1 K07       1 K07       1 K07       1 K07       1 K07       1 K07       1 K07       1 K07     Mn            '
'Fe 2',       5130.0127,  -5.368,  7.7059,  2.5, 10.1221,  2.5, 1.030, 0.860, 0.940, 8.510,-6.540,-7.900,
'  LS                                                                     3d6.(3F2).4p y4F*'
'  LS                                                                           3d5.4s2 2F2'
'RU                Kurucz FeII 2013   4 K13       5 RU        4 K13       4 K13       4 K13       4 K13       4 K13       4 K13       4 K13     Fe+           '

我更愿意将这三行中的每一行的信息存储在单独的数组中.由于条目是字符串和浮点数的混合,我使用Numpy.genfromtxt来读取输入文件,如下所示：

import itertools
import numpy as np

with open(input_file) as f_in:
  #Opening file, reading every fourth line starting with line 2.
  data = np.genfromtxt(itertools.islice(f_in,2,None,4),dtype=None,delimiter=",")
  #Storing lower transition designation:
  low = np.genfromtxt(itertools.islice(f_in,3,None,4),dtype=str)
  #Storing upper transition designation:
  up = np.genfromtxt(itertools.islice(f_in,4,None,4),dtype=str)

在执行代码时,genfromtxt第一次正确地从文件中读取信息.但是,对于genfromtxt的第二次和第三次调用,我收到以下警告

UserWarning: genfromtxt: Empty input file: "<itertools.islice object at 0x102d7a1b0>"
warnings.warn('genfromtxt: Empty input file: "%s"' % fname)

虽然这只是一个警告,但genfromtxt的第二次和第三次调用返回的数组是空的,并且不包含预期的字符串.如果我注释掉genfromtxt的第二次和第三次调用,代码就会按预期运行.

据我所知,上面应该是有效的,我有点不知道为什么它没有.想法？

解决方法:

在第一个genfromtext(好吧,真的是islice)之后,文件迭代器已经到达文件的末尾.因此警告和空数组：后两个islice调用使用空迭代器.

您将要在hpaulj’s answer中使用f_in.readlines()逐行读取文件,或者在后续读取之前添加f_in.seek(0),以将文件指针重置回输入的开头.这是一个对内存更友好的解决方案,如果这些文件非常庞大,这可能很重要.

# Note: Untested code follows
with open(input_file) as f_in:
    np.genfromtxt(itertools.islice(f_in,2,None,4),dtype=None,delimiter=",")

    f_in.seek(0)  # Set the file pointer back to the beginning
    low = np.genfromtxt(itertools.islice(f_in,3,None,4),dtype=str)

    f_in.seek(0)  # Set the file pointer back to the beginning
    up = np.genfromtxt(itertools.islice(f_in,4,None,4),dtype=str)

标签：python,numpy,genfromtxt
来源： https://codeday.me/bug/20190628/1313302.html