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2021-05-30

作者:互联网

Step1: 数据获取

在NCBI的主页,Gene搜索框内输入SARS。并在其结果内下载蛋白质的fasta 格式的序列。

Step2: 进入NCBI的BLAST界面

在本实验中我们是蛋白质序列,所以点击Protein BLAST.输入序列后调参完毕,BLAST的界面数据获取。

Step3:序列比对

把文档导入MEGA 界面(方法自定),删除最后一行Sequence,因为是空行,然后全选Ctral+A,点击Muscle(肌肉图标),点击Align Protein,直接点击OK (Muscle 适合多序列比对,ClustalW 适合两两比对)。比对结果如下图所示

最后,依次点击Data Export Alignment FASTA format, 即可完成保存数据。

Step4:建立进化树

首先导入已经比对好的FASTA数据文件,然后进行建树,点击下图按钮,选择构建NJ树(首次不知道树的结构,我们一般选择构建中度相似的的NJ 建树方法,然后如果根据树的结构知道树是高度相似,可选择ML建树即最大似然法,反之如果低度相似选择ME最小进化法建树)。接着是调参,我们选择的方法是邻接矩阵法(NJ法),进化树的检验用的是自展检验(Bootstrap method)法,检验次数是500次,替换模型是泊松模型(如果是核酸则选择Kimura-2)模型,后面的参数保持默认参数,然后点击OK!

Circle tree(为了使整幅图看起来均匀一些,我把后缀名删除,只保留了登录号)

Step5: 进化树的美化

MEGA软件实现进化树的美化(以MEGA为例) 分群、分支系

自展值的修剪与隐藏

修剪操作:

自展值一般设定为50-60,自展值低于50%即相似度太高或太低,特别是微生物。对于我这个图,设为50点击OK 。

Step6: iTOL在线网页的美化

先将MEGA的进化树导出为 nwk.文件并保存,进入iTOL页面,提交文件后可以进行美化了。

图有点丑,嘿嘿。

标签:MEGA,进化树,自展,30,点击,2021,序列,05,美化
来源: https://blog.csdn.net/qq_51724769/article/details/117394436